今天分享一篇TCGA数据挖掘（miRNA）+细胞功能实验发文思路的文章，这篇于2021年2月21日在World J Surg Oncol上发表。这篇文章的思路大体如下：通过TCGA数据挖掘和利用PCR进行验证miR-378a-5p的表达并且进行相关细胞功能实验分析，探索该miRNA的下游作用机制。参考文章来源：PMID: 33608020 PMCID: PMC7896405 DOI:
10.1186/s12957-021-02166-w。
文章题目：miR-378a-5p inhibits the proliferation of colorectal cancer cells by downregulating CDK1
研究背景：
MicroRNA（miRNA）在肿瘤发生中起重要作用。在这项研究中，研究了miR-378a-5p和CDK1在结直肠癌（CRC）中的作用。
研究方法：
分别通过TCGA数据库和qRT-PCR大分析miR-378a-5p在结直肠癌病理组织、结直肠癌细胞系中的表达。我们进行了细胞功能实验（CCK-8试验，EdU试验，集落形成试验，伤口愈合试验，transwell试验，细胞凋亡评估和细胞周期评估）和裸鼠肿瘤形成实验，以评估miR-378a-5p在体内和体外的增殖、转移、侵袭的作用。接下来，通过TCGA数据库，病理组织的免疫组织化学染色和细胞功能实验，通过数据库预测验证了miR-378a-5p的靶基因CDK1的作用，并在大肠癌细胞中进行了双重荧光素酶报告基因实验。最后，通过CDK1的过表达研究了CDK1的上调是否能恢复miR-378a-5p的过表达对CRC细胞增殖的抑制作用。
研究结果：
生物信息学分析表明结直肠癌（CRC）中miR-378a-5p水平显着下调。细胞功能实验和肿瘤异种移植小鼠模型证实了miR-378a-5p在CRC组织中的低表达，这表明miR-378a-5p在CRC中具有抑癌作用。为了更好地探索miR-378a-5p在CRC中的调控，我们预测并验证了细胞周期依赖性蛋白激酶1（CDK1）作为miR-378a-5p靶标基因，并观察到miR-378a-5p通过抑制CRC细胞增殖定位到CDK1。
研究结论：
这项研究的结果有助于阐明miR-378a-5p可以用作抑制结直肠癌和CDK1生长的肿瘤标志物的机制，这与结直肠癌患者的预后有关。MiR-378a-5p通过抑制CDK1表达来抑制CRC细胞增殖，而CDK1表达可能成为治疗CRC的可能治疗靶标。
分析内容：
1、通过TCGA数据和qRT-PCR测得的临床样本以及细胞系发现miR-378a-5p在CRC中的表达水平较低
2、通过EdU试验，伤口愈合试验，transwell试验发现miR-378a-5p阻碍了CRC的增殖和迁移潜能
3、miR-378a-5p在异种移植小鼠模型中促进结直肠细胞凋亡并抑制肿瘤生长
4、通过TargetScan预测miR-378a-5p的靶基因，发现CDK1可以作为其靶基因，CDK1在CRC组织中高表达
5、利用qRT-PCR测得CDK1在细胞系中高表达，并且通过CCK-8试验发现CDK1促进CRC细胞增殖和迁移
6、通过WB、集落形成试验、细胞凋亡评估、细胞周期评估发现CDK1的上调恢复了过表达的miR-378a-5p对CRC细胞增殖的抑制作用
