MACS2（Model-based Analysis of ChIP-seq）
usage：
macs2 callpeak -t TFILE -c CFILE -g GSIZE -n NAME
-t：--treatment file；
-c：Control file；
-f：--format {AUTO,BAM,SAM,BED...}，默认为AUTO；
-g：GSIZE，Effective genome size，'hs' for human (2.7e9)，也就是2.7G；'mm' for mouse (1.87e9)；
-n：output NAME，Experiment name, which will be used to generate output file names. DEFAULT: "NA"；
正式开始啦~
vim macs2.sh
#!/bin/bash
for i in 807 809 810 811 812 813
do
macs2 callpeak -t SRR13764${i}.bam -c SRR13764817.bam -g hs -n SRR13764${i}_macs2 --outdir ~/chipseq/fastq/clean_data/macs2
done
#提交
qsub -N macs -cwd macs2.sh -q g5.q
生成4种格式的文件：
NAME_peaks.xls： 以表格形式存放peak信息，是1-based；
abs_summit：代表峰值； pileup：代表peak 峰值的高度（pileup height at peak summit)；-log10(pvalue) ：pvalue of the peak summit；fold_enrichment：peak的富集倍数；-log10(qvalue)：衡量错误发现率的指标（FDR，False discovery rate，所有检验中假阳性的概率）；
NAME_peaks.narrowPeak：Bed6 format（bed格式中的前六列），是0-based，NAME_peaks.xls坐标-1是NAME_peaks.narrowPeak坐标；
NAME_summits.bed：记录每个peak的summits峰值；
NAME_model.r：能通过$ Rscript NAME_model.r作图，得到基于提供数据的peak模型。
参考：如何使用MACS进行peak calling - 简书 (jianshu.com)
1-based 对应碱基的位置 ( base-counted )，0-based 对应两个碱基之间的位置 ( space-counted )。参考0-based or 1-based? 详解常见生信格式的染色体坐标系统 - 知乎 (zhihu.com)
narrowpeak file 转换为 FASTA
上传本地macs2分析的narrowpeak file到Galaxy，利用 Galaxy workflow从SRR13764813_macs2_summits.bed文件提取fasta文件 。
其中peak左右延伸250bp，central 100 bp 用于 de novo motif discovery, the flanking 400 bp作为negative control。
下载workflow
Search for Downloadable ENCODE Files in the Human Feb. 2009 (GRCh37/hg19) Assembly (ucsc.edu)
