自清朝末年，中国受西方列强侵略，国运衰弱。同时现代医学(西医)大量涌入，严重冲击了中医发展。中国出现许多人士主张医学现代化，中医学受到巨大的挑战。人们开始使用西方医学体系的思维模式加以检视，中医学陷入存与废的争论之中。同属中国医学体系的日本汉方医学、韩国的韩医学亦是如此。2003年"非典"以来，经方中医开始有复苏迹象。
在文化大革命期间，中医作为"古为今用"的医学实例得到中国共产党政策上的支持而得以发展。现代，中医在中国仍然是治疗疾病的常用手段之一。
中药药材在国际上，针灸引起医学界极大兴趣。针灸已被证实在减轻手术后疼痛、怀孕期反胃、化疗所产生的反胃和呕吐、牙痛方面是有效的且其副作用极低，然而，对慢性疼痛，背部疼痛以及头痛，数据显示出模棱两可或者争议性。WHO认为很多针灸和一些草药的有效性得到了科学双盲研究的较强支持，但是对于其它的传统疗法还需要进行进一步研究，而且不能忽视未经研究的传统疗法存在的安全性及危险性等问题。WHO在2002年5月26日发表"2002-2005年传统医药研究全球策略"，邀请全球180余国将替代医学纳入该国的医疗政策。
上世纪90年代发起的现代中医基础理论的原始创新、革命。中医新哲学观中医三个哲学观:整体观、辨证
观，及新挖掘出的中医第三哲学观:相似观-分形论。
2018年10月1日，世界卫生组织首次将中医纳入其具有全球影响力的医学纲要。新纳入的中医传统医学的相关信息将写入第11版全球医学纲要第26章内，该章节主要阐释传统医学的分类体系，将于2022年在世卫组织成员国实施。
