主人公（池大为）的父亲在那个荒谬的年代，因本性善良、耿直，为别人开脱罪行说好话，反被开脱的人倒打一耙陷害，打成了右派，弄的妻离子散，个人也患上了严重的脑溢血，落下了病根，被分配在了县城山区做乡村医生。但主人公的父亲却不后悔自己的行为，坚持做人要清正严明、堂堂正正，主人公曾多次向父亲提出质疑，每一次的质疑都激怒了主人公父亲的敏感神经，致使主人公父亲大发雷霆，并反复不断、循循善诱教导主人公，池儿，你还不会做人，要做个好人，做好人不亏啊。
1977年恢复高考，池大为被北京中医学院录取，池父看到录取通知书的的那一刻，大吼一声“苍天有眼”，激发了脑溢血病情，加之地处山区，救援不及时，猝然离世，同时也应主人公父亲生前的要求，死后全身裹上白布，意为“清清白白、堂堂正正”。
埋葬了父亲的池大为真正是孑然一身走进了大学，他是一个彻彻底底的“凤凰男”，他身无分文，依托公费和奖学金、同时省吃俭用读完了大学。80年代末期，国家重视高才生，重点大学研究生无疑成为众所关注的对象，因无意受到马厅长的欣赏，他被留在了省卫生厅。
他随身携带父亲的遗像，和池父留下的一本书，这本书里面有十二位素描人物的画像，池父逐一作了总结，写下了自己的评论：孔子，克己复礼，万世师表；孟子，舍生取义，信善性善；屈原，忠而见逐，情何以堪；司马迁，成一家言，重于泰山；嵇康，内不愧心，外不负俗；陶渊明，富贵烟云，采菊亦乐；李白，笑傲王侯，空怀壮气；杜甫，耿耿星河，天下千秋；苏东坡，君子之风，流泽万古，文天祥，虽死何惧，丹心汗青；曹雪芹，圣哉忍者，踏雪无痕；谭嗣同，肩承社稷，肝胆昆仑。然后是夹着一张自画像，下书：高山仰止，景行行止，虽不能至，心向往之。池父的一生都是依照这些圣人名人的为人处世来要求自己的。这是主人公父亲遗留下来唯一的精神遗产，主人公无疑继承了这些精神导向，对其个人做人做事造成了巨大的道德禁锢和思想束缚。
他性格耿直、言行率真，却四处碰壁，拥有着知识分子的清高和自洁，他嘲笑慵懒、混日子的人为“猪人”、奚落阿谀奉承、绳营狗苟的人为“狗人”。又因小人的挑唆，十分抗上，与原本把他留在省卫生厅一把手领导不对付，和领导摆个性、撂挑子，明知自己的问题和道理却不知悔改，坚持个性，虽然个人拥有很多优越的条件，却心甘情愿的做冷板凳。
直至现实的打压开始让他慢慢反省，一家三代住在不足50平米的公寓房，妻子怀胎领导不给假，直至儿子被开水烫伤面部，一直奉守在主人公内心的“自尊”、也是他个人认为是最重要的东西开始支离破碎，他没有权又没有钱，被医院挡在了门外，随着妻子和丈母娘撕心裂肺的哭喊嚎叫声，和孩子被开水烫的皮开肉绽、不忍直视的面部，让他的心理防线彻底崩塌，“自尊”终于土崩瓦解、开始被现实击的粉碎，他无可奈何，逢人就弯膝下跪，可换来的是人性的冷漠与无情，无奈他将电话打给了他一直奚落的“狗人”那里，获得帮助。
直至以后，他开始反省，将致力于学术研究的智慧运用在了官场，做人开始“溜光水滑”，做事也开始“圆融周到”，做官也就自然而然的“风生水起”。认识并且修正了自己的问题，虽然圆滑而又不失去正义，拥有很高的道德操守和底线原则。
苏轼曾写过一首诗，名为《洗儿诗》，“人皆养子望聪明，我被聪明误一生。惟愿孩儿愚且鲁，无灾无难到公卿。”这首《洗儿诗》到今天也经常被现代人拿来传颂，表面上看是在表达做人要隐匿锋芒，揣着明白装糊涂。可是里面又有“无灾无难到公卿”，“到公卿”？一般人可做不到，你想又愚又鲁到公卿，未免有些痴心妄想。可实际上，苏东坡想表达的是什么，这得结合历史背景。王安石变法时，他是反对党，被贬到黄州五年。等到旧党上台，他又反对尽废新法，被贬到海南，差点老死边荒。1083年的九月，侍妾王朝云为苏轼生下第四个儿子，苏轼为他取名苏遁。当时，他正贬居黄州，心中的愤懑还无处释怀，满月之时写了一首有些反常的《洗儿诗》。这首诗明白如话，有点类似打油诗。一般情况下，父母养育孩子无不希望他们聪明伶俐，而苏轼却希望自己的儿子蠢笨一点，这样说不定还能荣华富贵。
表面上看，这首《洗儿诗》不合情理，但结合苏轼的处境，也不难看出这是他的牢骚之语。他的言外之意是，要想获得富贵，就不能太有主见，而应该随波逐流、人云亦云。放在现在实质上是鄙夷独立思想、反理想主义的诗，而不是着于诗的表面，告诫人要安分守己、隐匿锋芒这样简单，不然与“到公卿”形成道德缘木，自相矛盾，难以自圆其说。
小说的名为“沧浪之水”，沧浪之水是在《孟子·离娄》中记载，孔子周游列国时听到小孩子唱了一支歌：“沧浪之水清兮，可以濯我缨；沧浪之水浊兮，可以濯我足。”但是却并没有记载孔子是在什么地方听到这首歌的。其位置到底在何地？史记说法有三，一谓汉之别流；一谓地名，非水名；一谓汉水。自屈原被逐的典故之后，“沧浪”的内涵就丰富起来，含有隐逸的主题了。然小说《沧浪之水》所阐述的主题主旨便是这句“沧浪之水清兮，可以濯我缨；沧浪之水浊兮，可以濯我足。”一直贯彻始终，有反理想主义的倾向，引人深思。
小说的结尾，主人公池大为在父亲的坟前驻足，痛哭流泪，感慨于人事变迁和多年以来执于理想主义的痛苦挣扎，同时自己也功成名就，随利而逐，倾势而倒，完全违逆了父亲的理想道德标准，他痛哭着并烧毁了父亲留下的这本书，随着书的灰飞烟灭，自己也做了高深远度的自我反思和对父亲的致歉。小说情节在主人公池大为儿子烫伤遇难和马厅长对池大为的点拨、直击心底的话，是主人公池大为思想宏变的转折点，主人公池大为思想前后的悄然变化和巨大反差、理想主义的消亡、虚无主义的同化，都不禁让人唏嘘、感慨良多。
