从前有一个14岁的孩子——尼尔斯。他调皮、贪玩、任性，不爱学习，对人和动物都很不友善。
一个初春的早晨，他父母去了教堂，留他一个人在家里看书。尼尔斯躺在摇椅上，眯着眼睛，昏昏欲睡。突然他被一阵响声吵醒了，原来是一个小精灵！他又开始做恶作剧了——他想尽所有办法捉住小狐仙，结果反被小狐仙变成了不到五厘米的小人儿。
他惊恐极了，立刻就跑到院子中寻求动物们的帮助。可是因为他平时经常欺负动物们，所以动物们一个个都袖手旁观，在一旁嘲笑他，没有一个肯来帮助他的。他对以前的所作所为后悔极了。
这时一群大雁飞过天空，家中一只雄鹅莫顿也想随之一起飞翔。尼尔斯为了不让父母承受失去一只雄鹅的痛苦，便不让雄鹅飞走，紧紧抱住了它的脖子。不料被带上天空。从此，他开始了长途旅行。
在旅途中，他和雁群共同经历了许多事：破坏了狐狸斯密尔的许多诡计；从危险的强盗山逃出；帮助老鹰高尔果逃出猎人的铁笼；看到了瑞典美丽的自然风光……他增长了见识，1听到了许多故事、传说，历经了各种困难危险，从旅伴和其它动物身上学到了许多优点，逐渐改正了自己的缺点，培养了助人为乐的美好品德。
时间过得飞快，转眼就到了大雁南飞的时候了。大雁们准备把尼尔斯送回家中。过了一会儿，他们就飞回了家。回到家后，尼尔斯的父母就发现了莫顿，便准备把它杀掉。尼尔斯忍不下去了，冲上前挡住莫顿，请求父母不要把莫顿杀掉。就在这时，神奇的事情发生了：尼尔斯的身体又变回了原来的样子！
从此，尼尔斯便和家中的动物变成了好朋友，他自己也变成了一个善良的孩子，和家人幸福快乐的生活在了一起。
