从前，有一个顽皮的小男孩，名叫尼尔斯。他不喜欢读书，非常调皮，还经常捉弄家里的小动物，做一些恶作剧，动物们都非常讨厌他。
有一天，尼尔斯的父母去教堂了，把尼尔斯独自留在家里，他因捉弄一个小精灵，被小精灵变成了一个拇指大的小人儿，变完之后小精灵就消失了，只留下尼尔斯一人在院子里到处找小精灵。
这时候，一群大雁从天空飞过，让家中的大雄鹅和他们一起飞翔，大鹅也想展翅跟随大雁们飞翔。这只鹅是父母最喜欢的鹅了，为了不让大雄鹅飞走，就紧紧抱住它的脖子。
眨眼间，大雄鹅腾空而起，它来不及将尼尔斯抖掉，就把尼尔斯带着一起飞到了天空。从此，尼尔斯骑在大雄鹅背上，跟随大雁群走南闯北，一直飞到最北面的拉普兰，开始了一段神奇之旅。
在这次奇异的旅程中，尼尔斯不仅看到了大自然的美丽景色，结识了新朋友从雪山来的大雁阿卡，还帮助了许多小动物。他救了雄鹅，帮莫顿和邓芬做媒；帮助雁群逃离狐狸密尔的袭击；帮助小鹰高尔果学会生存……
在帮助他人的同时尼尔斯也获得了快乐，在结识的新朋友身上学到了很多优良的品质，认识到了自己以前犯的错误，让他从一个生性顽皮、捣蛋、爱搞恶作剧的坏孩子变成了一个十分善良、富有同情、的好孩子。
最后，尼尔斯安全的把雄鹅莫顿送回来了，尼尔斯变回了人形，回到了家中。旅行回来的尼尔斯不再是从前的他了，他变成了一个勤劳懂事、乐于助人、热情善良的小男孩。遗憾的是他再也找不到阿卡的雁群了，再也听不懂动物的语言了，但那段快乐的旅程成了尼尔斯一生中最美好的回忆。
