序自《2020-02-08 wget（含参数技巧）下载eggNOG数据库、安装以及碰到的问题》
一、使用
1、数据库内容
在下载好eggnog数据库之后，
1）og2level.tsv.gz；；2）eggnog.db.gz；；3）OG_fasta.tar.gz；；4）eggnog_proteins.dmnd.gz；；
5）HMM database(s): bact（存在了HMM_dblevels里）
包括：index.html；；bact_50.hmm.h3f；；bact_50.hmm.h3i；；bact_50.hmm.h3m；；bact_50.hmm.h3p；；bact_50.hmm.idmap；；bact_50.info；；bact_50.pkl
2、安装好后测试
在软件安装目录下
emapper.py -h #查看使用帮助
python emapper.py -i test/polb.fa --output polb_bact -d bact --data_dir ~/data/eggnog.db#按照别人的操作，我的报的报错了，后来发现是不能到eggnog,db下，因为他不是一个目录，这是一个文件（也看是跟我下载的我有关系）python emapper.py -i test/polb.fa --output polb_bact -d bact --data_dir ~/data #这样就可以了
出现这些就证明可以正常使用了！
二、使用
注意：
python emapper.py -i /share/data1//lx_genome/genepredict/SZDP190917115/115.pep --resume --output 115_bact -d bact --data_dir /share/data1//software/eggnog-mapper-1.0.3/data
参数的选择以及解释：
参考：https://www.jianshu.com/p/e646c0fa6443
eggnog-mapper默认是以HMMER进行序列搜索，尽管这可以通过-m diamond更改成DIAMOND，但结果中就会缺少一些信息列。
-d/--database表示搜索数据库的类型，既可以是"euk, bact, arch" 三大类的其中一种，也可以是"eggnog-mapper/data/OG_fasta"中的小类，例如"maNOG"表示的就是哺乳动物的NOG。此外也可以是自定义HMM数据库，-d /path/to/pfam.hmm
--usemem和--cpu 线程数提高运行速度（如果服务器内存比较大，线程比较多的话）
--output表示输出文件的前缀，默认输出在当前文件夹下，
--output_dir可以更改为其他文件路径；
--resume表示任务重启后可以跳过之前已经完成的部分，
--override则表示覆盖原先的输出结果。
其他几个基因的分析命令同上
至于如何同时使用这个在后台同时运行多条，还需要学习，以后会补上。
三、结果
注意：生成的文件默认存在当前的目录下
参数参考：
1、使用eggNOG数据库进行基因功能注释 http://www.chenlianfu.com/?p=2804
2、序列功能注释神器：eggNOG-mapper，KEGG/COG/KOG/GO/BiGG 一网打尽http://www.biostack.org/?p=698
