文献相关参数
samtools view 提取比对结果相关参数
samtools view [options] in.sam|in.bam|in.cram [region...]
-f 提取 ## -f 4 提取出没有mapping上的reads
-F 过滤 ## -F 4 过滤掉没有mapping上的reads，也就是说提取出mapping上的reads
-u 输出格式为未压缩的bam格式
-q 过滤掉MAPQ值低某个阈值 ## -q 1 过滤掉MAPQ值低于1的情况
-h 设定输出的SAM文件带有header
-b 输出格式设定为BAM
-S 输入格式为SAM
###提取比对到参考序列的结果:
samtools view -bF 4 tmp.bam > tmp_F.bam
###提取双端序列都比对到参考序列（4+8）的结果：
samtools view -bF 12 tmp.bam > tmp_F.bam
###提取比对到chr1的结果:
samtools view -b tmp.bam chr1 > tmp_chr1.bam
#没有设定输出格式的话，默认是输出SAM格式，并且是没有header的SAM
深度检测Mosdepth软件：
比对文件BAM/CAM深度检测好用工具：Mosdepth - 简书 (jianshu.com)
