超级增强子 (Super enhancer, SE) 是一类具有超强转录激活特性的顺式调控元件，2013年由美国学者Richard A. Young首次提出。与普通增强子 (Typical enhancer, TE) 相比，超级增强子区域跨度范围通常可达8-20Kb，远高于普通增强子的200-300bp跨度范围。更重要的是，超级增强子比普通增强子具有更强的转录激活相关组蛋白修饰 (H3K27ac等)、辅因子 (Mediator等) 及转录因子富集密度。以上特点决定超级增强子具有强大的调控功能。
近些年来研究发现，超级增强子在癌症发生、细胞分化、免疫应答等重要生物学过程中发挥着重要调控功能，其所调控的基因包含原癌及抑癌基因、细胞身份决定基因、炎症通路关键基因等，具有重要研究价值，已成为生物医学领域一个新的研究热点。
超级增强子鉴定方法
超级增强子的鉴定，依据的是增强子转录活性标记分子结合水平强度的差异，这些分子包括辅因子 (如Mediator和cohesin)、组蛋白修饰标记 (如H3K27ac和H3K4me1)、染色质修饰分子 (如p300) 等。在鉴定过程中，首先通过ChIP-Seq分析这些增强子转录活性标记分子在基因组上的富集情况，确定活性增强子位点。之后再对所有活性增强子进行分析，鉴定得到超级增强子。通过与转录组测序数据进行关联分析，可发现超级增强子所调控的靶基因。
超级增强子主要分析内容：
The methylation of lysine 9 of histone H3 (H3K9me) characterizes heterochromatin and mediates both transcriptional repression and chromatin anchoring at the inner nuclear membrane
