原文题目：lncRNAs PVT1 and HAR1A are prognosis biomarkers and indicate
therapy outcome for diffuse glioma patients
背景介绍
弥散性胶质瘤是中枢神经系统最常见的原发肿瘤，致死率高，其中恶性胶质瘤（GBM）患者平均生存期少于15个月。胶质瘤的病理生理机制复杂，涉及原癌基因和抑癌基因的异常活动。
长链非编码RNA（lncRNA）是一种常见的非蛋白质编码RNA转录物，在调节转录前后基因的表达中发挥重要作用。lncRNA的失调与癌症等多种疾病有关。
本研究旨在由基因表达谱确认差异表达lncRNA，并且找到在弥散性神经胶质瘤中显著差异表达的特定lncRNA。
方法与结果
1.星形胶质细胞和正常对照的差异表达lncRNA
从GEO数据库下载数据，对GSE4290中77个星形胶质瘤样本和23个对照样本研究，找差异表达基因，画火山图、热图、聚类分析。
以|logFC| >1; P <0.05为界，找到81个上调基因和82个下调基因。选取上调基因中最显著的PVT1、CYTOR和下调基因中HAR1A、MIAT进行后续研究。
2.PVT1、CYTOR、HAR1A和MIAT在神经胶质瘤数据集中的表达
在GSE4290数据集中，与正常对照组相比，PVT1、CYTOR在胶质瘤样本中高表达，HAR1A和MIAT在胶质瘤样本低表达。（废话...）
在TCGA中进一步分析，PVT1、CYTOR在GBM中表达水平明显高于其他低度恶性胶质瘤，HAR1A和MIAT则相反。
3. PVT1、HAR1A的生存分析
对TCGA和GEO数据集lncRNA不同表达水平进行生存分析，发现PVT1表达与病人总生存期呈正相关，HAR1A则相反，表达越高，生存预后越不良。另外，单因素Cox回归分析也与之结果相似。
5.在标本中对PVT1、CYTOR、HAR1A和MIAT进行验证
通过qRT-PCR对98例弥散性胶质瘤标本和12例非肿瘤脑组织标本4个特定基因表达水平的检测，结果证明PVT1、CYTOR在肿瘤组织中高表达，而HAR1A和MIAT则低表达。
参考来源：生信技能树
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