linux软件安装
首先需要理解的是linux是没有图形可视化界面的，要安装软件，其实也需要借助软件商店，conda 就是软件商店，所以今天的内容主要有两点
1. 下载conda
-
Miniconda是精华版，日常生信足够使用
来自生信星球 - 如何下载
首先点击清华大学开源软件镜像站，找到图中链接，点击，
image.png
根据自己电脑类型选择不同下载链接
uname -a查看自己电脑服务器类型
image.png
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh这个是我电脑的安装链接
服务器定位到目标文件夹 - 开始安装
服务器中输入wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
接下来输入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
然后就会跳出很长的版权信息，会很长很长，不要害怕，一直enter就好，中间跳出指令你再根据下图输入
来自生信星球
image.png
然后应该就可以了
来自生信星球
最后的最后，要激活
输入source ~/.bashrc
再输入conda,见到很多信息，恭喜你，可以啦
2. 利用conda管理软件
- 首先要利用镜像，毕竟国内下载软件速度，你懂得
输入conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes - 然后查看当前所有软件列表
conda list - 搜索软件(以fastqc)
conda search fastqc - 安装软件(加上-y是自动安装)
conda install fastqc -y - 卸载软件
conda remove fastqc -y
今天的选修内容
conda环境创建
为什么要有不同的conda环境呢？嗯，简单来说就是你可以同时拥有不同版本的同一软件，具体更深的自己百度吧
- 查看当前conda环境(前面会有*号显示)：
conda info --envs - 新建conda环境：
conda create -n python2 python=2.7 - 激活conda环境（可以看到*发生了变化）：
conda activate python2 - 退出当前环境：
conda deactivate python2 - 有点厉害的代码（同时设置环境和下载软件）：
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
今天的思维导图
思维导图
