1.使用官方的工具包 SRA Toolkit 下载
01. Downloading SRA Toolkit · ncbi/sra-tools Wiki (github.com)
下载对应的系统版本的文件然后解压缩即可使用:
conda install -c bioconda sra-tools
然后就可以批量下载选中的文件了,每一个SRR号会对应一个文件夹
prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt
2. wget下载文件
获取到下载链接,然后
wget https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra-reads-be/fastq?acc=SRR5874657
3. SRA格式转换为fastq
使用的工具是 fastq-dump ,也是我们之前在conda安装 sra-tools 内的一个工具。如果数据是pair-end的格式最好加参数--split-3,这样对于一方有而另一方没有的reads就会单独放在一个文件里。
fastq-dump SRR1482463.sra --split-3
结果就是每一个sra文件夹被解压为两个fastq文件,分别是_1.fastq和 _2.fastq。