转载GATK4.0和全基因组数据分析实践（下） 原创：矿工碱基矿工2018-03-23 前言 在上一篇文章中我已经用例子仔细跟大家分享了WGS从...
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GATK4.0-vqsr
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群体进化分析--基因流及群体历史分析——我愿称之为史上最全基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，...
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测序了，然后呢（四）有了OrgDb才能进行富集分析刘小泽写于19.1.20-21要进行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每个基因对应什么样的GO/KEGG分类，OrgDb就是存储不同数据库基因...
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【比较基因组】基因家族扩张与收缩---CAFE篇====环境和测试数据准备===== 需要先安装OrthoFinder，这个参考前面一个帖子。然后今天我们主要来测试CAFE。 安装也比较简单：...
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【基因组学工具】变异注释SnpEff
写在前面在进行基因组学研究中，总避免不了对一些SNP和Indel进行分析，如何去注释它们的，就需要用到SnpEff，SnpEff是一个变异注释和...
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群体遗传学亲缘关系分析亲缘关系分析实操 前期准备 给标记加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈现，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各个SNP位点的ID...
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6. GWAS：主成分分析——GCTA利用协方差矩阵，特征值和特征向量将高纬变量投影到数个低维变量的过程； PCA分析的过程就是从千万级别的SNP位点中提取关键信息，以便使用更少的变...
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admixture 群体结构分析
tructure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类，分子标记可以是SNP、indel、SSR。相比于P...
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VCF文件格式解析
VCF文件全称为Variant Call Format，表示基因组的变异信息，通常为GATK和Samtools软件处理所得到。VCF文件大致可以...
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VCF格式的学习及对VCF文件的统计
部分摘自# VincentLuo91的博客 Part 1 VCF格式的学习 1.什么是vcf？VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本...
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