输入文件有：物种基因组序列文件、物种基因组注释文件、转录本比对后的BAM文件；以斑胸草雀为例：-基因组注释文件: GCF_003957565.2...
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IGV基因组浏览器打开BAM文件查看reads比对情况 -
GWAS+自然选择：62个样本的GWAS分析，没信号，如何巧妙的发文章
欢迎来到"bio生物信息"的世界 6天前，BMC Genomics 推了一篇文献“Population history and genetic ...
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2021-10-18【文献】全基因组关联研究显示葡萄糖基转移酶OsIAGLU调节水稻根系生长Title: A genome-wide association study reveals that the glucosyltransfer...
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单倍型分析一、什么是单倍型？ 在单倍型分析前，首先需要明白什么是单倍型、什么是基因单倍型？ 一般来讲，所谓的单倍型是指同一染色体上不同变异位点的各种线性组...
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【动植物研究动态】20220320文献解读
Nature Genetics | 抗条锈病小麦品种Kariega基因组组装与抗病基因Yr27挖掘[https://mp.weixin.qq.c...
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【基因组学】使用IGV可视化查看基因组重测序比对结果写在前面IGV能够将基因组的变异情况可视化，因此广泛应用于基因组学的研究中。下面我以windows下的IGV为例，介绍一下IGV在查看基因组变异...
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bcftools 处理vcf文件，寻找多个vcf文件中突变的交集
目标 通过varscan等找到somatic mutations之后，想看多个样本的突变之间的交集。bcftools是用来处理vcf文件，可以进...
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GWAS全基因组关联分析全流程
拖拖拉拉用了一年时间才把GWAS整个流程捋完，从背景到code、还有过程中遇到的一些bug以及解决办法，加起来也有二十余篇，按分析的流程整理出一...
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PAML: 进化分歧时间估计看到一个可进行物种分歧时间估计的方法，是PAML中的一个子程序mcmctree。在此记录。 标题：PAML 4: phylogenetic an...
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群体进化选择消除分析要做选择性消除分析，首先就要把如下的理论记住熟记于心。 中性进化假说： 分子水平上，生物的演化或物种的进化并不是自然选择引起的，而是由中性/近中...
专题公告
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