看到一个可进行物种分歧时间估计的方法,是PAML中的一个子程序mcmctree。在此记录。
标题:PAML 4: phylogenetic analysis by maximum likelihood
期刊:Molecular biology and evolution
时间:2007
单位:伦敦大学学院
作者:Ziheng Yang
被引:9724(谷歌学术 2021.12.27)
标题:PAML: a program package for phylogenetic analysis by maximum likelihood
期刊:Computer applications in the biosciences
时间:1997
被引:5509(谷歌学术 2021.12.27)
标题:pamlX: A Graphical User Interface for PAML
期刊:Molecular biology and evolution
时间:2013
被引:244(谷歌学术 2021.12.27)
所以PAML是高被引老牌软件
Github: https://github.com/abacus-gene/paml
作者主页:http://abacus.gene.ucl.ac.uk/
PAML主页:http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html
手册:http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/#phylogenetic-analysis-by-maximum-likelihood-paml
PAML可用于对PAUP*, PHYLIP, MOLPHY, PhyML, RaxML等的reconstructed trees进行参数估计,假说测试来研究进化过程。
软件获取
conda安装
conda install -c bioconda paml
或者
wget -c https://github.com/abacus-gene/paml/releases/download/untagged-a5659203e8ec0ddb58b8/paml-4.10.1-linux-X86_64.tgz
tar -zxvf paml-4.10.1-linux-X86_64.tgz
rm paml-4.10.1-linux-X86_64.tgz
cd src
make -f Makefile
cd ../bin
mkdir bk
mv baseml basemlg codeml pamp evolver yn00 chi2 infinitesites mcmctree ./bk/
cd ../src/
mv baseml basemlg codeml pamp evolver yn00 chi2 infinitesites mcmctree ../bin/
mcmctree可进行物种进化分歧时间估计:
【mcmctree】使用蛋白数据对物种进化树进行分歧时间估计
作者近期文章: