根据gff和基因组文件提取最长转录本有很多工具，但发现没有一个适合我的，因为那些工具有各种输入文件限制，例如GetTransTool[https://pypi.org/pro...
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一个简易版提取最长转录本的方法 -
贴心 | GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 - GTF/GFF3写在前面 目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码，大量物种的基因组序列被测定和释放。与此同时，对应的基因结构注释信息文件，如GTF或GFF3文件...
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「基因组」日常工作之修改注释文件和NCBI基因组下载
只想水一水，我某一天水别人的东西。今天，看了半个小时的nextdenovo组装 segmentation fault 报错异常，终于从github上的回复看到了解决思路，老...
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超级爽！~精细比较近源物种 / 单倍型 / 基因组的神器！写在前面 三年前，那时往“全国植物基因组会议”投个了摘要，也准备了下墙报，有点期待能得到点认可。当然和以前一样，优秀跟我没啥关系。这是结果，结果当然不会反过来影响过程。为了让...
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大佬，我想问下您修改后的gff文件有没有尝试上传到ncbi呢？这样修改后会不会有什么问题？
python-gffutils 修改gff3文件基因名称
gff3格式 基因结构注释文件一般为gff3的格式，一共是9列，依次为基因组序列id，注释来源，类型，起始位置，终止位置，得分，正负链，相位，属性。基因结构注释文件中，基因包...
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python-gffutils 修改gff3文件基因名称gff3格式 基因结构注释文件一般为gff3的格式，一共是9列，依次为基因组序列id，注释来源，类型，起始位置，终止位置，得分，正负链，相位，属性。基因结构注释文件中，基因包...
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跑通GWAS，用这些脚本就够了最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，虽然具体还有好多需要微调的地方，先把代码整理分享出来mark一下 前期准备 1.理论知识 强烈推荐百迈客云课堂课程GWAS生...
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如何对基因组序列进行注释基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction...
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如何使用Juicebox 对juicer和3dDNA运行后的HiC结果进行可视化编辑推荐首先研读官方github教程 Juicebox Assembly Tools[https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki/Juic...
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跟着Nature Genetics学数据分析：使用GEC软件计算有效位点数从而确定GWAS的阈值论文 Super-pangenome analyses highlight genomic diversity and structural variation across...
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「群体遗传学实战」第二课: 画出和文章几乎一样的PCA图主成分分析(PCA)是一种线性降维方法，能从纷繁复杂的数据中抽离出关键因素，用来区分不同的样本。这里我们不谈PCA背后的数学原理，只谈哪些软件能够处理数据，我找到了以下三款 ...
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2022-06-14eggNOG注释及cluster Profiler富集eggNOG网站注释蛋白序列得到文件query_seqs.fa.emapper.annotations python环境 #git clone https://github....
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如何构建表达矩阵——RNAseq中游分析
中游分析这个词是我杜撰的，用来强调表达矩阵构建过程并不简单。 0 前言 前几天Jimmy老师发了一篇 我用这个技能一杯咖啡的功夫就挣了800块钱，讲了他帮一个粉丝从公共数据库...
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2022-07-09学习构建orgdb库以下内容全部来自于此文章https://www.jianshu.com/p/f2e4dbaae719[https://www.jianshu.com/p/f2e4dbaae7...
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奇奇怪怪的gene symbol
有一些基因的symbol很奇怪，真百思--不得姐呀！比如: 纯字母开头 C orf 系列基因，HS.系列基因，KRTAP系列基因，LOC系列基因，MIR系列基因，LINC系列...
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简洁 | 优雅地整理 BLAST 比对结果写在前面 用过 BLAST 进行基因功能注释的朋友应该常常遇到两个问题： BLAST 输出格式较多，选择哪一类输出格式更为实用？ 输出结果信息较多，如果方便下游数据分析？ B...
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circos画图中links文件生成
文件格式要求 如何生成该格式？ 生成共线性文件NTX_1g01972 1972 NTX_1g01973 1973 1NTX_1g01980 1980 NTX...
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用TBtools做物种内共线性分析（仅步骤）主要是参考https://www.tinymind.net.cn/articles/64d36abc7fd091 首先我们拿到的是以下的材料 1. Blast比对 根据以下选...
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De novo组装#03 | 基因组拼接（flye, wtdbg2, mecat2, canu）写在前面 前面两篇文章De novo组装#01 | 测序数据质控（fasqc+fastp）[https://www.jianshu.com/p/7c5447517de3] ...
