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基因家族鉴定流程（二） 用blast、mmseqs、diamond、hmmer搜索同源蛋白本文章将介绍 ①类blast软件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比较 ②blast、mmseqs、diamond、hmme...
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机器学习-有监督学习-分类算法-K最近邻法(KNN)-原理、Python和R应用基本原理 首先放一张各大网站用烂的图 KNN的基本思想是比较简单的，就是假设我们有红色和蓝色得到数据点，然后我们新加入一个绿色点，根据绿色点最近...
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机器学习-无监督学习-主成分分析(PCA)-数学原理、应用以及Python和R实现数学原理简要说明 基本原理 PCA所做的事情实际上是将多维的数据降维到一个更低的维度，但同时保证数据之间尽可能的分开，而衡量这个分散程度的标准就...
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根据Knumbers注释爬取KEGG对应KO号和pathway name
背景 手头有KEGG对应各个基因的注释文件（注释可以参考KAAS注释流程)，但没有对应的KO号，需要得到相应的KO号做富集分析 Python s...
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Genomic Data Science- JHU Course 4 Algorithm for DNA Sequencing 笔记Introduction 此课程是Coursera上，John Hopkins University 的 Genomic Data Scienc...
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Genomic Data Science- JHU Course 2 Genomic Data Science with Galaxy 笔记Introduction Galaxy是一个公开的基因组学分析平台，包含了一系列流程化分析工具，针对质控、组装、注释以及包括Chip-seq、R...
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Genomic Data Science- JHU Course 1 Introduction to Genomic Technologies 笔记课程页面 右上角是我google账户名称 地址： 这个第一个课，Data Science那边可以着重了解下，其他没什么太大的重要性。 顺便说下，...
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Hyphy，不亚于Paml的选择压力分析的优秀软件，使用指北
近几年来，Hyphy的使用人数越来越来多，虽然不及paml，但这款软件的一些优秀特性使得它值得受到使用和关注。首先相比paml，hyphy有以下...
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写个zsh脚本(主要是awk)合并gff，去除gff中的重叠区域
问题背景 大致是这样，假如你用一堆注释软件然后用不同物种得到了一堆不同的gff，那这些gff肯定是有重叠的，对于注释信息gff来说只需要保留ge...