写在前面 早前已经推过《新手eggNOG-Mapper详细教程》，但仍然有很多人遇到使用问题。换句话，可能那个教程不能彻底解决大伙遇到的问题。于是我决定写一个完美的教程，彻底...
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零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM... -
用PLAM下的mcmctree做分歧时间估计
用mcmctree做分歧时间估计的时候遇到报错： 问题是序列不符合phylip格式，每个名字没有区分开 1.使用以下命令行将orthofinder处理好的多序列比对结果，fa...
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一个简易版提取最长转录本的方法根据gff和基因组文件提取最长转录本有很多工具，但发现没有一个适合我的，因为那些工具有各种输入文件限制，例如GetTransTool[https://pypi.org/pro...
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贴心 | GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 - GTF/GFF3写在前面 目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码，大量物种的基因组序列被测定和释放。与此同时，对应的基因结构注释信息文件，如GTF或GFF3文件...
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「基因组」日常工作之修改注释文件和NCBI基因组下载
只想水一水，我某一天水别人的东西。今天，看了半个小时的nextdenovo组装 segmentation fault 报错异常，终于从github上的回复看到了解决思路，老...
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超级爽！~精细比较近源物种 / 单倍型 / 基因组的神器！写在前面 三年前，那时往“全国植物基因组会议”投个了摘要，也准备了下墙报，有点期待能得到点认可。当然和以前一样，优秀跟我没啥关系。这是结果，结果当然不会反过来影响过程。为了让...
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python-gffutils 修改gff3文件基因名称gff3格式 基因结构注释文件一般为gff3的格式，一共是9列，依次为基因组序列id，注释来源，类型，起始位置，终止位置，得分，正负链，相位，属性。基因结构注释文件中，基因包...
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跑通GWAS，用这些脚本就够了最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，虽然具体还有好多需要微调的地方，先把代码整理分享出来mark一下 前期准备 1.理论知识 强烈推荐百迈客云课堂课程GWAS生...
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如何对基因组序列进行注释基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction...
