一、生存分析R语言基础 我们将使用两个R包:survival 用于计算存活分析survminer 用于总结和可视化生存分析结果 结果展示: 二、2万个基因的身存分析(循环)
上一篇关注单因素多因素cox模型的构建并在lung数据集中进行了实战survival包学习笔记——cox回归(一) - 简书 (jianshu.com)[https://ww...
你好,请问lasso回归的时候如果是变量小于样本数的情况会出现什么情况?有文献是单因素cox回归筛选了二十来个变量,在几百个样本的情况下去做的lasso回归
说起互作网络图,大家都不陌生。看文献的时候,经常看见相互作用网络图展示了circRNA-miRNA的靶向关系或者ceRNA竞争性网络关系。我们先来看几个图: CircRNA-...
在以前的操作中转置在excel当中完成,最方便。但是有时候样本数目太多,excel就不行了这里介绍个R当中的转置函数:t()很简单!第一步:导入数据第二步:转换数据第三部:输...
统计分析时候常常格式录入时候并不是R包想要的格式,如果数据量很大,用excel转换及其麻烦,可以考虑使用reshape2包中的melt函数进行转换,代码示例如下。
方法1 #读取wet.txt需要转换的目标矩阵,显示原行列。本例中行为sample,列为otu otu<-read.delim('E:\\R语言网络分析\\wet.txt',...
今天写了个函数,批量计算表达矩阵两个基因之间的相关性,安装这个小R包即可使用: 行名是两个基因名,第一列是p值,第二列是相关系数。这个示例矩阵有100行,计算的结果有4950...
从果子老师的从TCGA数据中提取lncRNA并进行下游分析一文中,我学到了如何从TCGA表达谱数据中提取RNA。老师的教程已经写的很详细了,我再补充一点:如何下载GTF注视文...
前面小编给大家介绍过几个研究热点相关的基因集 ☞ m6A甲基化相关基因集[https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin...