单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天我们复习。 Spatial niche这个分享过很多次了，今天再优化一下，重点是Spatial communications，我们要利用Xe...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天我们分享一个分析框架，文章在 框架内容很多，基于python的全流程。 文章的第一作者也发布了一篇文章作为介绍，在我们这篇Nature C...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天我们分享文献，虽然IF不高，但是很多分析方法很好。 知识积累 原发性乳腺癌（BC）和转移性肿瘤具有不同的肿瘤微环境（TME）生态系统。 在临...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 现在的日子，关税在涨，物价在涨，钱是越来越难挣了。 什么东西在跌呢？工资在跌，房价也跌，房租反而涨了，生活的压力感觉越来越大了。 对于生信分析而...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天我们继续分享分析思路，针对Xenium、CosMx大panel，Xenium现在更新到5000+了，CosMx更高，这个时候已经具备分析空间...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天我们来画画图 需要做的内容 1、获取空间细胞邻域矩阵 2、针对细胞邻域矩阵进行聚类（leiden） 3、聚类的CN结果进行注释 4、CN富集...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 之前提到过，对于肿瘤来讲，绝大部分的诱发因素并不是CNV，而是突变，随着认识的越来越深入，单细胞检测CNV的准确性遭到了越来越多的质疑，基因组 ...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天我们分享文献，Xenium 5k的文章。 WES + scRNA + scATAC + Xenium + CODEX 还是那句话，基因组 +...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天偷个懒，梳理一下Xenium 5k的多样本整合分析。 为什么要说明是多样本整合呢？因为一张芯片大家都放好几个样本，直接就是多样本了。 那么此...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 随着粉丝的分析能力越来越高，大家的要求也越来越高了，很多我做项目压箱底的东西都拿出来了。 不过也要感谢大家的支持，不然自己早就挂了。 今天我们分...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 4月中旬了，时间飞快。 经过一段时间的项目积累，文献阅读以及方法调试，关于最新的空间分析脚本也逐渐成熟了，后续可以大规模投入到项目中使用了。 初...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天我们分享一个分析方法思路。 在HD 16um（8um通常不采用）、Stereo-seq bin50以下（25um以下），在做单细胞空间联合...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 空间转录组慢慢走向临床了，细胞之前的空间关系推断药物的疗效已经取得了很好的进展。 今天我们分享文献 知识积累 乳腺癌是最常诊断的癌症，也是全世...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 又周五了，一周又结束了。 今日分享文献 知识积累 早发性（在≤55岁的男性中诊断）和晚发性前列腺癌之间的临床和病理结果不同，可能归因于与衰老相关...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今日我们分享文献 现在关税都上天了，以后可能大家都要选择国产平台了，不知道大家准备好了没有 知识积累 乳腺癌是一种高度异质性的肿瘤，其特征在于不...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天根据之前的项目分析，总结一下细胞邻近性的分析方法与优劣势。 参赛选手 一、Gitto，https://rubd.github.io/Giot...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天我们来画一画空间密度图吧。 不同条件的基因/细胞密度分布图一目了然可以看出疾病带来的影响。 我们来画一下，首先我们要准备数据，做好单细胞空间...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天我们分享文献 细胞邻域2种策略 1、spatially determined neighbors (for example, 20 cell...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 假期总是很快，老家出来到当牛马的城市，总有一种恍如隔世的感觉。其实还房贷车贷也挺好的，比饥荒强。 今天本来想复习两个内容的，一个是hotspo...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 放假了，好好休息的同时也不要忘了抽出点时间回顾一下工作或者学习内容。 今天我们的目标 其实主要就是BuildNicheAssay函数。 准备好数...