单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 我们今天更新一个内容，那就是visium的通讯分析。 最近也接触了很多分析空转的人，从我的角度来看，我觉得很多人还没有达到可以分析空转的水准，不...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 高精度平台（Xenium、CODEX、CosMx）的空间细胞邻域niche分析。 核心就是一定距离内的细胞(window)都是该位置的niche...

单细胞空间交响乐

作者，追风少年i 我们来复习复习吧。 2025年，希望霉运散去，一切向好。 前段时间有粉丝觉得NMF之前的代码都太复杂了，看看能不能来个简单版本的。 最近的文章也都不打算收费...

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作者，追风少年i 年前我们就不过多往前走了，复习复习吧。 大家最近也应该感觉到了，针对不同类型的空间平台，有一些分析是通用的，但是有些分析是各个平台独有的，比如今天要分享的h...

单细胞空间交响乐

作者，追风少年i 今天我们继续距离分析，这个分析在空间转录组是比较关键的一环。 之前分享的距离分析文章，主要针对区域和细胞类型的关系， 脚本更新----空间转录组的Radia...

单细胞空间交响乐

作者，追风少年i 今日目标 discover cellular niches differentially enriched in spatial regions, long...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天我们需要实现的目标 看看方法部分 其实就是CNV分数矩阵做均一化，PCA降维，然后采用miloR进行聚类分析，分析CNV事件的相互联系。 其...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今日分享文献 分享之前简单复习一下10X单细胞数据分析CNV的注意事项，大家学习的时候多看看细节。 1、采用的矩阵 2、关键性的参数 3、inf...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 腊八了，大家好啊。 年前我们就不过多往前走了，今天我们来学一学如何组图吧，图片是文章的门面，我们组一张。 我们来实现一下,需要source的脚本...

单细胞空间交响乐

大家好，2025年了，霉运散去，财富缠身，高分SCI，助力我们登顶。 关于细胞类型空间关系之类的分析，分享了很多了，大家也应该有了一定的认识，但是呢，有一个问题，目前分析空间...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天废话不多说，针对bin模式Stereo-seq、HD和visium，完成解卷积 + 细胞层次聚类 我们直接上封装好的代码 传参后的脚本

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 2024马上就要过去了，还剩下一两天，大家有什么想对自己说的没？ 大家有什么犹豫的，大胆去做，该考研考研，该考公考公，该表达就表达，千万不要拖延...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 年前不打算过多往前走了，就多复习复习，总结总结。 今天我们的目标，细胞聚类 大家做空间数据，无外乎两种，一种像visium、bin模式的Ster...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 空间邻域差异分析 同组分析完共定位，那么不同组间的邻域差异分析，就是下一步。 对于高精度，Xenium、CosMx等相对比较容易,前面最好注释，...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 过年前我们就先停一停把，多复习复习。 这一篇我们进行多样本的细胞类型共定位分析。 但是要注意，这里的多样本指水平重复的空间样本， 不同组（例如疾...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 年前我们就不过多往前走了，多分享一些现有的方法，其中核心就是细胞邻域。 高精度平台的这种细胞邻域分析相对容易，dist计算出所有位点之间的距离，...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 经过一晚上的测试，事实证明必须进行Seurat版本转换。 有几个小的细节需要大家注意。 1、banksy计算邻域的时候，官方给的代码是 只计算高...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 临近年关了，我们暂时就不往前走了，总结一些好用的方法，重点就是多样本的niche分析，细胞聚类分析，邻域分析等等。 HD数据慢慢也多起来了，对于...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 马上2025了，大家感觉还好么？ 2024还是降薪裁员的一年，而且这两天还是考研的日子，同时还有大把的人在复习考公，似乎“卷”成了社会潮流。 如...