作者，Evil Genius 我们今天更新一个内容，那就是visium的通讯分析。 最近也接触了很多分析空转的人，从我的角度来看，我觉得很多人还没有达到可以分析空转的水准，不...
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脚本更新----空间转录组系列分析（cell2location + 细胞聚类 + 空间通讯） -
脚本更新---高精度平台的细胞niche分析作者，Evil Genius 高精度平台（Xenium、CODEX、CosMx）的空间细胞邻域niche分析。 核心就是一定距离内的细胞(window)都是该位置的niche...
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内容复习---NMF在单细胞数据中的运用作者，追风少年i 我们来复习复习吧。 2025年，希望霉运散去，一切向好。 前段时间有粉丝觉得NMF之前的代码都太复杂了，看看能不能来个简单版本的。 最近的文章也都不打算收费...
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空转复习---空间转录组hotspot作者，追风少年i 年前我们就不过多往前走了，复习复习吧。 大家最近也应该感觉到了，针对不同类型的空间平台，有一些分析是通用的，但是有些分析是各个平台独有的，比如今天要分享的h...
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脚本更新----visium数据的细胞类型距离分析作者，追风少年i 今天我们继续距离分析，这个分析在空间转录组是比较关键的一环。 之前分享的距离分析文章，主要针对区域和细胞类型的关系， 脚本更新----空间转录组的Radia...
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方法更新---identify differentially-enriched cellular niches（MIBI-TOF,CODEX, IMC,Xenium）作者，追风少年i 今日目标 discover cellular niches differentially enriched in spatial regions, long...
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方法更新----单细胞CNV分析与CNA neighbourhood analysis作者，Evil Genius 今天我们需要实现的目标 看看方法部分 其实就是CNV分数矩阵做均一化，PCA降维，然后采用miloR进行聚类分析，分析CNV事件的相互联系。 其...
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顶刊分享---胶质瘤形成mimics神经嵴样细胞调控的损伤反应（单细胞 + 空间）作者，Evil Genius 今日分享文献 分享之前简单复习一下10X单细胞数据分析CNV的注意事项，大家学习的时候多看看细节。 1、采用的矩阵 2、关键性的参数 3、inf...
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