作者，Evil Genius 希望我也无奈去搞盗版的时候，大家能理解~~~，辛苦创作是真的不如搞盗版，而且搞盗版的我发现在硕士博士，医学生群体口碑还挺好的。 在空间转录组学中...
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脚本更新----细胞的空间临近性分析
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脚本更新----空间邻域差异分析（高精度平台，Xenium、CosMx、CODEX、图像分割Stereo-seq、HD）作者，Evil Genius 今天的目标，实现如下的分析 对于空间转录组而言，高精度平台图像分割获取单细胞精度的矩阵绝对是必做的。大家如果选择做高精度空转，尤其Stereo-...
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脚本更新----空间转录组信号流COMMOT与空间inferCNV（封装版）作者，Evil Genius 针对visium、bin模式的Stereo-seq、HD等的脚本更新。 对于单细胞而言，大家网上找点代码分析出个结果，已经很容易了，但是想分析的...
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课程补充----单细胞空间联合分析之RCTD封装版（针对visium、bin模式的Stereo-seq、HD）作者，Evil Genius 关于RCTD，本来都不打算更新了，R版本的联合分析我觉得大家自己写写就完了，现在看来，还是需要整理一下。 文章在Robust decomposi...
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流程更新----空间细胞聚类及配受体共现分析（针对visium、bin模式的Stereo-seq、以及HD）作者，Evil Genius 今天我们分享一个简答的内容，空间细胞聚类与配受体共现。 今年的空间课程给了大家一个方法，当然了，都可以用，也都有高分文章引用，我们今天更新一个...
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顶刊方法补充---肿瘤演化与微环境相互作用作者，Evil Genius 周末了，我们复习一下，高分文章的方法补充，文章在 (1)WES数据分析,如下 1、BWA-mem比对（GRCh38）2、使用samtools将输...
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流程升级---通过生态位差异分析确定细胞状态转变的外在驱动因素作者，Evil Genius 今年不知道大家过的怎么样？挣到钱了么？文章发表了没？光阴似箭，大家珍惜读书的大好时光。 我们今天的分析从空间转录组生态位的转变影响细胞状态开始，...
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流程更新----10XHD的tiff图片结合cellpose进行细胞分割分析获取单细胞级别的空间表达矩阵作者，Evil Genius 不止一次的说过，做HD、Stereo-seq，尽量不要再用bin分割模式，采用图像识别的图像分割模式，获取单细胞级别的空间矩阵。 Stereo-...
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流程升级---空间邻域聚类分析与分层分析（高精度平台，Stereo-seq、HD、Xenium、CosMx）作者，Evil Genius 我们今天要实现的目标是，依据细胞邻域的不同进行细胞类型的分层聚类。 我们在分析高精度平台的时候，通过基础分析，会拿到聚类结果，经过注释之后，会获...