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推荐植物生物信息学参考书Plant Bioinformatics Methods and Protocols》third edition
找论文的时候偶然发现的这本参考书，个人感觉内容还挺丰富的，在这里推荐给大家 书名是 《Plant Bioinformatics Methods and Protocols》t...
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OrthoFinder寻找同源基因并建树（1）一、OrthoFinder的安装 使用之前记得查看帮助文档: 二、OrthoFinder的使用OrthoFinder需要蛋白编码的Fasta（fa）文件作为输入，所以首先我们...
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生信log18|一个上传基因组到NCBI的图文详细教程开篇废话一下：> 这篇日志分享的实际上是我总结了NCBI基因组上传流程并分享给组内同学参考的PPT教程，当然我们PPT上面还有16S rRNA基因的上传教程，因为是师兄做的，...
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Python——入门级(定义功能def函数)
无参定义函数 1. 语法 Python 使用def 开始函数定义，紧接着是函数名，括号内部为函数的参数，内部为函数的 具体功能实现代码，如果想要函数有返回值, 在 expre...
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「三代组装」使用新版Falcon进行三代测序基因组组装这里的新版指的是PacBio公司在2018年9月发布pb-assembly, 而这篇文章是在2018年9月30日发的。 今年早些时候在参加三代培训时，听说PacBio会在今年...
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KEGG pathway 注释整理
KEGG pathway 注释整理 获得KEGG注释 通过eggnog-mapper和interproscan两个软件(或数据库)，可以获得KEGG ORTHOLOGY(KO...
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如何使用KAAS进行KEGG注释使用KAAS做KEGG注释 标签： KEGG， RNAseq， bioinformatics 什么是KEGG 中文名: 京都基因与基因组百科全书外文名: koyto Ency...
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「三代组装」使用Falcon对三代测序进行基因组组装Falcon是PacBio公司开发的用于自家SMRT产出数据的基因组组装工具。Falcon分为三个部分： HGAP：PacBio最先开发的工具，用于组装细菌基因组，名字缩写自...
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宏基因组功能注释（以COG为例）Contigs/Scaffolds序列经基因预测、ORF开放阅读框识别（Open Reading fr ame）和蛋白翻译之后，就可以进行功能注释分析了。我们将基因/蛋白序列...
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应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程eggnog-mapper实现功能注释 eggNOG-Mapper介绍 通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常见的方法就是BLAST+BLAST2GO， 或者...
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NG | 泛基因组分析揭示人工种植水稻与野生水稻基因组变异文献信息：标题：Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated an...
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circos 学习手册（一）介绍 circos 以圆环的形式展示基因组数据及相关的注释信息，能够生成出版级别的图片，非常适合对染色体内、外关系进行可视化。 前面我们已经简单介绍过了 circos 绘图，...
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stringtie转录本有参组装
转录组数据： SRR8002919.0_PE.1.clean.dup.fq.gz SRR8002928.0_PE.1.clean.dup.fq.gz SRR8002944...
