1.vcf格式说明 VCF格式：Variant Call Format，用于记录variants (SNP / InDel)的文件格式，关于其说明，详见：http://gat...
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GSEA富集分析流程及解释（R代码）【待完善】
GSEA简介 GSEA法基因功能富集分析原理详解[https://www.plob.org/article/16259.html] 豆豆学习GSEA[https://mp.w...
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利用linux处理fq/fa小练习刘小泽写于19.1.11知识就是这样，越用越熟练，像awk、grep、sed等，用时间长了就有感觉了；另外所有我们遇到的问题都能搜索到，所以不用担心办法解决这份题不是我出的，...
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看起来你是用了python3，试试python2。
在stringtie结果中提取count/fpkm/tpm matrix
stringtie官网[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]提供了prepDE.py文件，用...
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深度学习中Dropout原理解析（10X单细胞和10X空间转录组）1. Dropout简介 1.1 Dropout出现的原因 在机器学习的模型中，如果模型的参数太多，而训练样本又太少，训练出来的模型很容易产生过拟合的现象。在训练神经网络的时...
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[空间转录组] Sepal——识别具有空间模式的基因
一、Sepal是干什么的？ 原文：sepal: identifying transcript profiles with spatial patterns by diffus...
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@vv2020 不好意思，才看到消息。我看到论文里面处理这种数据时，会把重复名字的基因当成不同基因看待，在名字上加上后缀以作区分。
在stringtie结果中提取count/fpkm/tpm matrix
stringtie官网[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]提供了prepDE.py文件，用...
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10X空间转录组数据分析之空间注释（解卷积，STdeconvolve）hello，大家好，今天我们来分享一个新的空间注释的方法，当然主要思想还是解卷积，关于空间转录组的注释方法，我已经分享了很多了，在这里列举出来，供大家参考。 MIA用于单细胞...
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10X单细胞（10X空间转录组）聚类算法之Louvainhello，大家好，之前呢，分享了10X单细胞和10X空间转录组的降维算法，不知道大家掌握了多少。今天我们来分享默认的聚类算法Louvain，Louvain算法是目前单细胞分...
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单细胞转录组高级分析二：转录调控网络分析
SCENIC简介 组织内细胞异质性的基础是细胞转录状态的差异，转录状态的特异性又是由转录因子主导的基因调控网络（GRNs）决定并维持稳定的。因此分析单细胞的GRNs有助于深入...
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2019-06-27 scenic: single-cell regulatory network inference and clustering
title：scenic: single-cell regulatory network inference and clustering journal：Nature me...
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library(Seruat)报错 Error: object ‘markvario’ is not exported by ‘namespace:spatstat’
spatstat版本有问题 若有如下警告: ERROR: dependencies ‘spatstat.data’, ‘spatstat.utils’ are not ava...
