IP属地：河北
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基于jellyfish,GenomeScope评估基因组大小在对一个基因组进行组装之前，都要对其进行基因组survery，判断其大小，杂合度等；常用方法有流式，或者基于二代测序k-mer估计 软件安装 简单使用 jellyfish 统...
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单细胞ATAC分析标准流程（详细版）背景：单细胞ATAC分析流程介绍。 1.为什么做单细胞ATAC分析？ 单细胞转录组分析的是单细胞分辨率上不同细胞之间的转录组（mRNA）差异，由中心法则可以知道，生物发生的过...
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scanpy文件读取h5ad的一个BUG
BUG 当正常使用anndata或者scanpy读入数据的时候，如下 常规操作，数据可能也是自己用anndata储存的，但是读入马上会出现一段非常长的error提示： 反正结...
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细胞类型重复性验证----MetaNeighbor（1）单细胞转录组的出现加快了细胞类型多样性的研究，以及一些稀有细胞类型的发现。但是，细胞类型的注释则因为不同数据集以及不同分析方法的原因差异较大。如何来验证细胞类型注释的真伪，以...
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conda的R环境tar打包迁移后要做的的修改
conda的R环境tar打包后在另一个Linux服务器解压后，需要修改 sed -i 's/\/old_path_to\/anaconda3\/envs\/r-base4.2...
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被PDF提取表格搞得快崩溃的我，突然发现这个小工具记得上大学的时候，囧囧我作为学生班干部，教导员丢来一个满满数据表格的PDF，让我迅速、立刻、马上整理成Excel表格，结果一整个周末，我对着电脑输了整整两天数据，现在回想起来...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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projectLSI：将你的单细胞或bulk转录组数据映射到参考数据集中简介 在单细胞数据分析过程中，我们经常会遇到不同样本之间整合的批次效应和细胞类型注释的困难，projectLSI包利用term frequency–inverse docum...
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Seurat中默认颜色配方提取分析时候遇到一个问题就是Seurat中DimPlot中画聚类图时候的颜色配方该怎么去提取。之前我都是在AI中把图片打开，然后查看每个类的颜色，得到值之后在R中用，后续有个问题...
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如何从已知的ggplot对象中提取颜色等信息？最近在使用一些包装好的作图函数绘图，如TCseq包中的timeclustplot函数，尽管这些函数可以满足大部分的需求，但是如果想做个性化的修饰的时候，需要自己使用ggplo...
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Seurat中默认颜色配方提取
分析时候遇到一个问题就是Seurat中DimPlot中画聚类图时候的颜色配方该怎么去提取。之前我都是在AI中把图片打开，然后查看每个类的颜色，得到值之后在R中用，后续有个问题...
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SCTransform：单细胞样本的标准化Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化，并且这一个函数可以代替三个函数（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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Seurat Weekly NO.08 || Seurat 交互系统Seurat Weekly NO.0 || 开刊词[https://www.jianshu.com/p/6f88d3df702b] Seurat Weekly NO.1 ||...
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RNAseq分析流程：从测序Rawdata到Count输出在之前学习snakemake的基础上，这里重新又对之前编写的pipline进行了优化，只需要在config.yaml中输入相应的samples，以及参考基因组路径，即可以得到...
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做分析缺台主机？一文教你在win10中打造生信分析环境有生信分析需求或是想学生信的朋友都知道，我们开展工作的前提是拥有一台Linux主机。这是由于这个专业的特殊性，我们使用的软件五花八门，但大多都是基于Linux平台的，且没有图...
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空间转录组Seurat数据转换为Annadata数据空间转录组Seurat数据转换为Annadata数据 1、网上查到的Seurat转换为Annadata数据 import rpy2.robjects as robjectsf...
