一：安装 包含三个模块 Installed package recipes include: FALCON和FALCON- unzip是用于PacBio长reads的从头组装...
IP属地：上海
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falcon组装及polish
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用scaffold10x基于10x genomics数据做genome scaffolding
背景介绍 在得到初步的组装结果之后，如果手上有10x genomics的基因组测序数据的话，除了可以用supernova基于10x数据独立组装出一个新版本的基因组外(详见我的...
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使用Purge_dups去冗余序列
该工具和使用purge_haplogs处理基因组杂合区域类似，但速度更快。 purge_dups能够根据read深度分析组装中haplotigs和overlaps。相对于另一...
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De novo组装#04 | 基因组去冗余（purge_dups）写在前面 冗余序列的产生和多种因素有关，如 CLR 的测序错误，基因组自身的杂合性和重复序列的影响等等，purge_dups软件能根据read深度分析组装中haplotigs...
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单倍体组装工具Hifiasm简介及基本运行命令(一)随着测序技术的发展及新的组装工具的不断开发应用，基因组denovo测序及组装进入了Genomic2.0时代，我认为Genomic2.0时代的标志有两点：1. 三代长读长测序及...
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入门Hifiasm?这一篇就够了Hifiasm 使用教程 介绍 Hifiasm 是一个快速的单倍型解析 de novo 组装软件，最初设计用于 PacBio HiFi 读取。其最新版本可以通过利用超长的 O...
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提取未比对序列
将reads比对到参考序列 http://www.biotrainee.com/thread-766-1-1.htmlhttps://bedtools.readthedocs...
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基因组survey——K-mer频谱Kmer是从测序数据中滑窗提取出的长度为k的寡聚核苷酸序列，可以评估基因组大小、杂合度、重复序列比例等。在测序reads均匀分布的前提下，有以下公式：基因组长度 = 总碱基数...
