0.参考https://github.com/zhaotao1987/SynNet-Pipeline[https://github.com/zhaotao1987/SynNe...
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基于共线性网络构建物种进化树(系统发育) - SynNet -
生信分析22：完整的转座子注释流程本次推送是文献分享22的对应内容。我与生信，公众号：我与生信文献分享22：泛基因组解析柑橘亚科进化以及柑橘果实中柠檬酸积累的关键基因[http://mp.weixin.qq....
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WGDI - 推断祖先核型0.仅作个人笔记使用意思就是只考虑我能不能看懂具体每个参数的含义参照官方文档, 这里全部用默认参数https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
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如何用WGDI进行共线性分析(上)多倍化以及后续的基因丢失和二倍化现象存在于大部分的物种中, 是物种进化的重要动力。如果一个物种在演化过程中发生过多倍化，那么在基因组上就会存在一些共线性区域（即两个区域之间的...
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基因组基因复制的分类鉴定：DupGen-finder
参考：https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a[https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a] requi...
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【比较基因组】McScan jcvi比较两个基因组共线性细节记录软件的安装 Python版McScan（jcvi工具包）：https://github.com/tanghaibao/jcvi[https://github.com/tang...
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比较基因组学分析1：构建单拷贝基因树比较基因组学分析目录 1：单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间[https://www.jianshu.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收缩与扩张分析[ht...
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生信分析29：基于单拷贝直系同源基因构建物种进化树本次推送是文献分享29的对应内容。 Fig 1 基因组和比较基因组相关的文章中，最常放的一个图是对该物种和其他近缘物种以及外群构建系统发生树（Fig 1），用来研究物种的进化...
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falcon组装及polish
一：安装 包含三个模块 Installed package recipes include: FALCON和FALCON- unzip是用于PacBio长reads的从头组装...
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用scaffold10x基于10x genomics数据做genome scaffolding
背景介绍 在得到初步的组装结果之后，如果手上有10x genomics的基因组测序数据的话，除了可以用supernova基于10x数据独立组装出一个新版本的基因组外(详见我的...
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使用Purge_dups去冗余序列
该工具和使用purge_haplogs处理基因组杂合区域类似，但速度更快。 purge_dups能够根据read深度分析组装中haplotigs和overlaps。相对于另一...
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De novo组装#04 | 基因组去冗余（purge_dups）写在前面 冗余序列的产生和多种因素有关，如 CLR 的测序错误，基因组自身的杂合性和重复序列的影响等等，purge_dups软件能根据read深度分析组装中haplotigs...
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单倍体组装工具Hifiasm简介及基本运行命令(一)随着测序技术的发展及新的组装工具的不断开发应用，基因组denovo测序及组装进入了Genomic2.0时代，我认为Genomic2.0时代的标志有两点：1. 三代长读长测序及...
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入门Hifiasm?这一篇就够了Hifiasm 使用教程 介绍 Hifiasm 是一个快速的单倍型解析 de novo 组装软件，最初设计用于 PacBio HiFi 读取。其最新版本可以通过利用超长的 O...
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基因组survey——K-mer频谱Kmer是从测序数据中滑窗提取出的长度为k的寡聚核苷酸序列，可以评估基因组大小、杂合度、重复序列比例等。在测序reads均匀分布的前提下，有以下公式：基因组长度 = 总碱基数...
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全基因组重测序流程【超细致！！】
自己在研究生的第一个项目就是处理重测序数据，在做的过程中参考了很多资料，现在把整个重测序的上游分析流程分享给大家，一些关键环节已经帮大家踩过坑了，相信跟着学习实践一定能够收获...
