在科研工作中，总是要找各种文献来参考学习，但是有些文章真的很离谱，看到这些文章，想用一下他们的数据，不知道是故意的，还是水平不够，他们的数据永远是用不了的，真的很气愤。这里我...
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IP属地：香港
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盘点那些数据有问题的文章（持续更新）……
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文献分享21：利用深度学习基于Nanopore数据检测DNA甲基化文献 2021 NatureCommunications Genome-wide detection of cytosine methylations in plant fr...
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eggNOGmapper注释结果快速分析及kegg通路可视化代码有更新，若要使用笔者的代码进行分析建议使用更新后的代码[https://www.jianshu.com/p/836c3979f8cb] eggNOGmapper注释结果 ...
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bedtools的一个报错：Received illegal bin number xxxxx from getBin call
在Biostars上找到了原因——https://www.biostars.org/p/129072/ 原来是坐标数值太大（也可以说是基因组size太大），超过了536,87...
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GENIE3——一款预测基因调控网络的R包
在网上随意浏览的时候，无意间发现另一种可以构建调控网络的软件，叫做GENIE3。这是一个R包，直接在R里运行。这款R包基于你的表达矩阵来推测基因之间的调控关系。 虽然共表达网...
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写的太好了，插科打诨，一扫报错的阴霾
circRNA分析软件CIRCexplorer2之初体验
日常瞎掰 时间过得有点快啊，不知不觉躺平了这么多天，内心还是有些好不情愿的内疚。不过，话说回来，说到躺平让我想起来了不知道是谁说的一段非常有意思的话，与大家一起分享：“现...
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circRNA分析软件CIRCexplorer2之初体验日常瞎掰 时间过得有点快啊，不知不觉躺平了这么多天，内心还是有些好不情愿的内疚。不过，话说回来，说到躺平让我想起来了不知道是谁说的一段非常有意思的话，与大家一起分享：“现...
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一起玩转HiC格式转换日常瞎掰 五一放假了么？ 放了！好像又没放。无所谓了，反正已经禁足快五十天了，都已经失去知觉了！有一种“不知天上宫阙，今夕是何年”的朦朦胧胧的恍惚！ 《那年那兔那些事...
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基因家族鉴定流程（二） 用blast、mmseqs、diamond、hmmer搜索同源蛋白本文章将介绍 ①类blast软件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比较 ②blast、mmseqs、diamond、hmmer的使用 ③用四种软件的实践操...
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TADCompare的安装与使用
最近在比较样本间TAD的差异，看到有个R包TADCompare可以做，学了一下，这个R包功能比较齐全，可以比较，还能直接出图，很方便。接受很多格式的输入。用法官网[https...
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请问paml计算的kaks值和kakscalculator计算的有差别吗
paml计算 KaKs值
此前介绍利用Kaks_calculator计算ka/ks 值，本次对paml 进行计算kaks做一简单介绍。 软件安装 PAML 可实现系统发育树的构建，祖先序列估计,进化模...
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转座子（TE,散在重复）特征及其对基因组影响基因组中重复序列大体分为两类：串联重复（Tandem repeats，Tandem Duplication） （TRF可预测）散在重复（Dispersed repeats），...
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【三维基因组】浅谈三维基因组多组学联合-part1大家搜索三维基因多组学联合分析的时候，会搜到 Hi-C，RNA-seq ,ChIP-seq,ATAC-seq,BS-seq,3C,4C，SV promoter，enhance...
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RNA-seq练习 第三部分（DEseq2筛选差异表达基因,可视化）DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart) DESeq2对于输入数据的要求1.DEseq2要求输入数据是由整数组成的矩阵。2.DESeq2要求矩阵是没有标准化的。D...
