featureCounts是一个用来统计count数的软件，运行的速度飞快，比之前用的htseq-count快了好多好多。 照例先说一下怎么下载这个软件： 然后来说这次的流程...
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Hisat2+FeatureCounts+DESeq2流程+作图！ -
差异甲基化分析R包methylkit、DSS和dmrseq的比较
前言 首先，对3个R包进行简单介绍。methylkit：用于高通量亚硫酸氢盐测序的DNA甲基化分析和注释的R包。该包的目的是处理RRBS以及WGBS的测序数据。此外，也可以处...
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fastq、fasta、bed、gtf、gff、sam、bam生信分析常见文件格式查看生信分析过程中的文件格式：除了原始测序数据fastq、fasta之外，还有基因组文件fasta格式，基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如bed、...
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第9篇：差异peaks分析——DiffBind学习目标 学习用DiffBind流程评估两个样本间的差异结合区域 用PCA评估样本间的关系 评估不同工具得到的差异peaks的一致性 评估差异peaks富集的工具 ATAC-...
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DiffBind分析ATAC-seq（差异peaks）
最近遇到一个问题，用DiffBind找差异peaks，但是网上没有找到合适（直接用）的参考，网上的例子[https://www.jianshu.com/p/f849bd55a...
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ATAC-seq差异peaks火山图绘制差异peaks分析是ATAC-seq下游分析中非常重要的一步，可以鉴定出不同样本之间开放程度不同的DARs（Different Accessible Regions），...
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热图 | TBtools Heatmap 从入门到精通
写在前面 2021年，新年第一天，我在忙着家里事情的间隙，分成五次（每次大概30min），录制了 TBtools 的热图（Heatmap）功能的介绍与参数详解。 TBtool...
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TBtools | 热图绘制 - 直播预热Emmm...直播预热而不是预告，原因在于，我确实还没决定是否要开这个直播。生信札记微信公众号关注的人数约1.5w。如果这则推文在一周内阅读量过10000或在看数超1000，...
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DNA甲基化数据分析(二)DSS是一个R包，对基于计数的测序数据进行差异分析。 它可以检测来自RNA-seq的差异表达基因（DEG），以及来自亚硫酸氢盐测序（BS-seq）的差异甲基化位点或区域（DM...
