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featureCounts是一个用来统计count数的软件，运行的速度飞快，比之前用的htseq-count快了好多好多。 照例先说一下怎么下载这个软件： 然后来说这次的流程...

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生信分析过程中的文件格式：除了原始测序数据fastq、fasta之外，还有基因组文件fasta格式，基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如bed、...

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学习目标 学习用DiffBind流程评估两个样本间的差异结合区域 用PCA评估样本间的关系 评估不同工具得到的差异peaks的一致性 评估差异peaks富集的工具 ATAC-...

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差异peaks分析是ATAC-seq下游分析中非常重要的一步，可以鉴定出不同样本之间开放程度不同的DARs（Different Accessible Regions），...

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写在前面 2021年，新年第一天，我在忙着家里事情的间隙，分成五次（每次大概30min），录制了 TBtools 的热图（Heatmap）功能的介绍与参数详解。 TBtool...

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Emmm...直播预热而不是预告，原因在于，我确实还没决定是否要开这个直播。生信札记微信公众号关注的人数约1.5w。如果这则推文在一周内阅读量过10000或在看数超1000，...

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DSS是一个R包，对基于计数的测序数据进行差异分析。 它可以检测来自RNA-seq的差异表达基因（DEG），以及来自亚硫酸氢盐测序（BS-seq）的差异甲基化位点或区域（DM...

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Hi,大家好。最近在帮师姐分析甲基化，顺便就把甲基化分析过程整理一下。我们先来看看什么是DNA甲基化。DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式...

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大家好，本周我分享的文献是一篇前瞻性文章，什么是前瞻性文章呢？先给大家简单解释一下吧，前瞻性文章（perspective）是对某主题现有的问题、基础概念或普遍的观念提出独特的...

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IGV软件有自带的基因组文件和注释文件，使用自带的还是方便一些。但是，其使用的注释文件和基因组文件可能与我们数据分析时的不一致，这时候我们可视化bigwig文件或者bam文件...

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之前分析过的测序数据，数据质量都很好，给了我一个错觉质控的前后差别不是很大，内心里对质控这一步也就不是很重视，跑完质控有时也懒得看结果，拿到一批测序数据后，也总是忽略了去看测...

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DNA甲基化是表观遗传学研究中的一个重要一个分支，符合表观遗传学DNA的序列信息没有改变的特地点，而是DNA的碱基发生了化学修饰。最常见的一种修饰如5-甲基胞嘧啶（5-met...

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前言 衔接上一篇数据比对后的结果，使用R包DSS进行处理。 Input文件准备 我们先来复习一下上一节课得到的数据结果：*.bismark.cov.gz 文件 这里我们使用的...

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前言 因为组里面出了一批甲基化测序数据，使用的技术为BS-seq，处理的时候顺带记录了学习过程，演示使用数据为官方提供的example.fastq。 DNA甲基化及CpG岛定...