今天要用到genewise 软件分析数据，记录一下过程！ 1. GeneWise 简介 Genewise主要用于将蛋白质序列和DNA序列进行比对，从而对DNA序列上的编码区进...
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GENEWISE 的使用
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RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)============================================写在前面：可以参考另外一篇《得到差异基因后怎么做？[https://www.jians...
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【HiC】绘制TAD边界强度背景 经常在HiC文章中看到TAD边界强度变化图，大体上可以反映TAD之间隔绝情况,绝缘系数越低，TAD之间交互越弱。如下图： 画图的方法： 有点类似ChIP-seq pe...
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minimap2 + samtools 比对参考序列，并提取unmapped reads
一、minimap2 Manual Reference Pages - minimap2 (1)[https://lh3.github.io/minimap2/minima...
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使用NextDenovo组装Nanopore数据
NextDenovo是武汉未来组胡江博士团队开发的一个三代组装工具，能够用于PacBio和Nanopore数据的组装。但是从官方的介绍而言，此工具在组装Nanopore上优势...
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用nextDenovo组装基因组
背景介绍 NextDenovo是武汉未来组（现在可能得叫希望组了）开发的用于三代基因组组装的软件。想当年读硕士的时候我还因为项目合作的事儿在未来组呆了好几个月来着。 可用资源...
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Seqkit小工具处理序列、提取序列IDSeqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件，由go语言编写，功能比较完善，软件使用也很稳定。 优点1.能够非常全面的处理fasta/q文件，运行速度超快的序列工具...
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序列比对软件 MUMmer 结果可读化处理（四）
关于该软件的计算可选参数以及结果文件的解读，见前三篇分享： 序列比对软件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.jianshu.com/writer#/not...
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如何用点图展示MUMMER的结果在2年之前我写过一篇教程介绍MUMmer软件的使用方法，可以通过如何使用MUMmer比对大片段序列阅读。 MUMmer作为一个比对工具，它的主要功能就是寻找两个序列的相似之处...
