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GENEWISE 的使用
今天要用到genewise 软件分析数据，记录一下过程！ 1. GeneWise 简介 Genewise主要用于将蛋白质序列和DNA序列进行比对，从而对DNA序列上的编码区进...
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RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)============================================写在前面：可以参考另外一篇《得到差异基因后怎么做？[https://www.jians...
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【HiC】绘制TAD边界强度背景 经常在HiC文章中看到TAD边界强度变化图，大体上可以反映TAD之间隔绝情况,绝缘系数越低，TAD之间交互越弱。如下图： 画图的方法： 有点类似ChIP-seq pe...
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minimap2 + samtools 比对参考序列，并提取unmapped reads
一、minimap2 Manual Reference Pages - minimap2 (1)[https://lh3.github.io/minimap2/minima...
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使用NextDenovo组装Nanopore数据
NextDenovo是武汉未来组胡江博士团队开发的一个三代组装工具，能够用于PacBio和Nanopore数据的组装。但是从官方的介绍而言，此工具在组装Nanopore上优势...
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用nextDenovo组装基因组
背景介绍 NextDenovo是武汉未来组（现在可能得叫希望组了）开发的用于三代基因组组装的软件。想当年读硕士的时候我还因为项目合作的事儿在未来组呆了好几个月来着。 可用资源...
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Seqkit小工具处理序列、提取序列IDSeqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件，由go语言编写，功能比较完善，软件使用也很稳定。 优点1.能够非常全面的处理fasta/q文件，运行速度超快的序列工具...
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序列比对软件 MUMmer 结果可读化处理（四）
关于该软件的计算可选参数以及结果文件的解读，见前三篇分享： 序列比对软件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.jianshu.com/writer#/not...
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如何用点图展示MUMMER的结果在2年之前我写过一篇教程介绍MUMmer软件的使用方法，可以通过如何使用MUMmer比对大片段序列阅读。 MUMmer作为一个比对工具，它的主要功能就是寻找两个序列的相似之处...
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MUMMER 两个基因组间比较MUMmer出现的历史背景测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据...
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什么年代了，还在用传统的3D-DNA？
之前使用的是3D-DNA流程做Hi-C的辅助组装，它的最大优势就是输出结果可以对接下游的JBAT(juicerbox with Assembly Tools)进行手动矫正。然...
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祖先状态重建—揭示物种性状的起源与演化我觉得处理任何事情，不仅要做到“知其然”，还要做到“知其所以然”。在做事情时，如果仅知道低头蛮干，不知道抬头看路；只知道跟着“牵牛绳”的方向，在鞭子的抽打下前进或停止，那么最...
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超快超省事！统计 Fasta 文件/序列相关信息写在前面 我经常使用一个不起眼的功能，Fasta Stat。但从未写过相关推送。主要是其使用过于简单，只要把 Fasta 序列文件放进去，点击 Start 就可以了。早上起来...
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Juicer: 辅助基因组组装
Juicer: 辅助基因组组装 导读 本文主要对处理HiC数据的Juicer程序进行一个简短的介绍，并展示如何利用Juicer进行基因组组装中染色体挂载的第一步。 1. 介绍...
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利用3D-DNA挂载基因组使用二代数据或三代数据得到contig后，下一步就是将contig提升到染色体水平。对于二倍体物种而言，目前3D-DNA应该是组装效果最好的一个软件。 一：工作流程 使用3D...
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使用EDTA进行TE注释
一句话评价：重复序列注释用EDTA就完事了。 简介 EDTA, 全称是 Extensive de-novo TE Annotator, 一个综合性的流程工具，它整合了目前LT...
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测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth
00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要拿回raw data，同时弄清...
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TBtools | 基因结构变异检测插件 Genome VarScan 参数说明不少朋友对 TBtools 的基因结构变异检测插件 Genome VarScan 感兴趣。这个插件我开放了几个参数。当然我觉得对绝大多数人来说，默认参数已经够用。但不排除在一...
