简介 plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能，可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图，主要依赖于Seurat V4，circlize，Compl...
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plot1cell：优雅的可视化你的单细胞数据 -
机器学习篇(1)——基础入门简介前言：以下是我在自己理解的基础上做的总结，介绍了机器学习的定义以及评估算法的几个概念。 定义 机器学习是一门从数据中研究算法的科学学科。是根据已有的数据，进行算法选择，并基于...
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单细胞转录组数据 细胞注释指南
细胞注释是单细胞转录组分析的重要环节，来自加拿大的研究人员在《Nature protocols》发表细胞注释教程综述，介绍了单细胞转录组数据分析中细胞注释的一般工作流程，涵盖...
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jupyter notebook 如何切换虚拟环境1.先在命令行中输入以下命令，创建虚拟环境： conda create -n imap python=3.6 2.激活刚刚创建的环境：conda activate imap ...
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scanpy数据整合批次效应去除原理引用：葬花朴[https://www.cnblogs.com/listen2099/] 1.scanpy.external.pp.mnn_correct** 第一步：将表达量...
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单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释
前面已经讲解了：单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing[https://www.jianshu.com/p/02b70bda5d0a]单细胞分析实录(2): 使...
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scanpy官方教程2022||03-scanpy包核心绘图功能学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...
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找出cluster的差异基因并进行GO和KEGG分析
单细胞测序数据经Seurat包tsne降维聚类后，得到cluster，如何找出cluster的marker并进行GO、KEGG分析 需要R包：Seurat、clusterPr...
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使用scVelo进行RNA velocity分析-01scVelo于2020年发表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
