中山大学中山医学院-基础医学博士在读<br>欢迎关注个人公众号<br><br>公众号：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
IP属地：浙江
-
-
plot1cell：优雅的可视化你的单细胞数据简介 plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能，可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图，主要依赖于Seurat V4，circlize，Compl...
-
机器学习篇(1)——基础入门简介前言：以下是我在自己理解的基础上做的总结，介绍了机器学习的定义以及评估算法的几个概念。 定义 机器学习是一门从数据中研究算法的科学学科。是根据已有的数据，进行算法选择，并基于...
-
“飘涯”引《东风破》歌词“一壶漂泊，浪迹天涯”<br>轻度跑步爱好者<br>《红楼梦》痴迷读者<br> 机器学习，深度学习，自然语言处理、知识图谱、复杂网络
-
-
单细胞转录组数据 细胞注释指南
细胞注释是单细胞转录组分析的重要环节，来自加拿大的研究人员在《Nature protocols》发表细胞注释教程综述，介绍了单细胞转录组数据分析中细胞注释的一般工作流程，涵盖...
-
jupyter notebook 如何切换虚拟环境1.先在命令行中输入以下命令，创建虚拟环境： conda create -n imap python=3.6 2.激活刚刚创建的环境：conda activate imap ...
-
-
scanpy数据整合批次效应去除原理引用：葬花朴[https://www.cnblogs.com/listen2099/] 1.scanpy.external.pp.mnn_correct** 第一步：将表达量...
-
b cel那有点小问题 那看来细胞注释的时候后面都加_0😃
scanpy不同cluster及细胞类型合并
在用scanpy进行单细胞分析时往往要对聚类(leiden)后的簇进行细胞类型的标注并生成细胞图谱，但是在通常使用的更改注释的方法中 new_cluster_names的字符...
-
单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释
前面已经讲解了：单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing[https://www.jianshu.com/p/02b70bda5d0a]单细胞分析实录(2): 使...
-
scanpy官方教程2022||03-scanpy包核心绘图功能学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...
-
找出cluster的差异基因并进行GO和KEGG分析
单细胞测序数据经Seurat包tsne降维聚类后，得到cluster，如何找出cluster的marker并进行GO、KEGG分析 需要R包：Seurat、clusterPr...
-
使用scVelo进行RNA velocity分析-01scVelo于2020年发表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
-
周运来，男，长大了才会遇到的帅哥，稳健，潇洒，大方，靠谱。一段生信缘，一棵技能树。生信技能树核心成员，单细胞天地供稿人，简书创作者，单细胞数据科学家。
-
scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...
-
单细胞之轨迹分析-4：scVelo轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...
-
单细胞轨迹分析
拟时间分析比较 http://genome.annoroad.com/News/Industry/1061.html https://mp.weixin.qq.com/s?_...
-
主要分享一些自己的学习过程，以菜鸟干货为主，大家有问题可以在我的博客交流(打赏也是)<br><br>
-
生物信息；python/R/Shell编程学习~<br>生信博士在读~ wx同号～
