嵌合体(Chimeras)是PCR阶段不正常的扩增过程所产生的序列。嵌合体由两条及以上的模板链组成，是PCR延伸阶段的不完全延伸造成的。 通常有1%的几率会出现嵌合体序列，而...
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Qiime1-7.去除嵌合体 -
这部分包含很多内容，且有的很长。 现在不会再去翻译这些插件等的使用了 或许就是当时翻译就是为了以后不翻译
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qiime2 使用dada2去燥时出现的问题# 导入Phred33格式单端测序结果 qiime tools import \ --type 'SampleData[SequencesWithQuality]' \ ...
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@佳名 好的，谢谢解答，应该是拼接的问题，我用双端的结果自己拼接就没有问题，但是用测序公司返回的拼接好的单端数据就出现了这个问题。谢谢
Qiime2 (三)-DADA2降噪（Denoise）流程
Dada 2 流程 DADA2数据处理不以序列相似度聚类，只进行去重（或相当于以100%序列相似度聚类），生成的是以ASV为单元的表格；Vsearch数据处理与Usearch...
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您好，请教一个问题，用dada2降噪后，序列数减少特别多（从6w减少到不到1w），一般是什么原因呢。我已经将截取长度设置为demux.qza里读出的最短的读数了，别的数据都没有什么问题，只有一批数据出现了此种情况，是被当做嵌合体去燥了吗
Qiime2 (三)-DADA2降噪（Denoise）流程
Dada 2 流程 DADA2数据处理不以序列相似度聚类，只进行去重（或相当于以100%序列相似度聚类），生成的是以ASV为单元的表格；Vsearch数据处理与Usearch...
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组间差异检验，终于有人讲清楚了!什么是组间差异检验？就是组间的差异分析以及显著性检验，应用统计学上的假设检验方法，检验组间是否有差异及其差异程度。坦率地讲，所有的差异检验都基于一个假设：组间没有差异，变量之...
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微生物多样性qiime2分析流程(2）使用qiime2和dada2处理16S序列我不太确定这篇文档里还有没有打错的命令，代码建议参考：一文完不成qiime2微生物多样性分析(2021版上)[https://www.jianshu.com/p/725ee7...
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如何在Rstudio终端运行table2itol脚本生成itol网站所需的进化树构建注释文件整理：大月半 责编：王采荷 构建进化树的软件很多，但是找到一款符合自己三观和符合大众审美的并不那么容易，而且需要操作起来比较人性化，就更屈指可数了。如果你也想做做好看的进化树...
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请教您一个问题，如何在图中添加P value和variance value呢？
微生物多样性qiime2分析流程(11) 数据可视化分析(中) 之PCA,PCOA,NMDS分析
轻轻松松的完成数据分析，高高兴兴的发论文，一个完美的PCA分析流程呈现给各位，喜欢请关注，点赞；后面的内容更精彩！！！ PCOA分析 可以通过以下代码添加置信区间与标签 NM...
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自从稀释曲线那一步开始，每步作图命令之后都提示 The color has been set automatically, you can reset it manually by adding scale_color_manual(values=yourcolors)。用的是R4.0.3版本，是什么包和这几个包冲突了吗？摸不着头脑
微生物多样性qiime2分析流程(6) 数据可视化分析(上）
在之前的几篇文章里，介绍了如何整合dada2的分析结果，并且已经通过MicrobiotaProcess包转化为了phyloseq对象，接下来先让我们进行一些基础的可视化操作....
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@益民厂老厂长 解决了😂，是我太蠢了，没有安装python的numpy模块，所以报错
微生物多样性qiime2分析流程(3) 使用figaro来得到dada2正反向截断参数
dada2插件对原始数据paired-end-demux.qza进行质量过滤需要两个参数，trunc-len-f和trunc-len-r。这个想法是通过尽可能多地删除较低质量...
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le dna-sequences.fasta |paste - -|sed '1i ASVID,seq' > rep.fa，这条命令是在linux里执行吗，为啥执行半天也没执行完
微生物多样性qiime2分析流程(2）使用qiime2和dada2处理16S序列
我不太确定这篇文档里还有没有打错的命令，代码建议参考：一文完不成qiime2微生物多样性分析(2021版上)[https://www.jianshu.com/p/725ee7...
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微生物多样性qiime2分析流程(3) 使用figaro来得到dada2正反向截断参数
dada2插件对原始数据paired-end-demux.qza进行质量过滤需要两个参数，trunc-len-f和trunc-len-r。这个想法是通过尽可能多地删除较低质量...
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@益民厂老厂长 又试了几遍，还是一样😭
微生物多样性qiime2分析流程(3) 使用figaro来得到dada2正反向截断参数
dada2插件对原始数据paired-end-demux.qza进行质量过滤需要两个参数，trunc-len-f和trunc-len-r。这个想法是通过尽可能多地删除较低质量...
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@益民厂老厂长 加上了绝对路径还是一样😭
微生物多样性qiime2分析流程(3) 使用figaro来得到dada2正反向截断参数
dada2插件对原始数据paired-end-demux.qza进行质量过滤需要两个参数，trunc-len-f和trunc-len-r。这个想法是通过尽可能多地删除较低质量...
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@益民厂老厂长 好的，谢谢！！
微生物多样性qiime2分析流程(3) 使用figaro来得到dada2正反向截断参数
dada2插件对原始数据paired-end-demux.qza进行质量过滤需要两个参数，trunc-len-f和trunc-len-r。这个想法是通过尽可能多地删除较低质量...
