上文下载好gdc_download....tar.gz的压缩包和metadata文件后，将压缩包解压到一个文件夹，metadata文件放入另一个文件夹。可以看到LIHC_gd...
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2.R合并下载的TCGA数据
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2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
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Error in UseMethod("explain") : no applicable method for 'explain' applied to an object of cla...
昨天运行随机森林代码时突然报错： 必应搜索报错语句 👇看到github上的回答：https://github.com/thomasp85/lime/issues/48[htt...
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肿瘤相关巨噬细胞的标志物
考虑到巨噬细胞亦正亦邪，在各种生物环境中发挥复杂的作用，研究人员一直在探索它们的丰度和功能。这份指南概括了巨噬细胞表达的基因，以及适用于检测的免疫学工具。 巨噬细胞（Macr...
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单细胞测序——髓系细胞注释marker主要根据文献中的描述与方法 髓系细胞分类 巨噬细胞，单核细胞，DC细胞 文献一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
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生信小白教程之Count转TPM，FPKM相信很多科研工作者（不包括比我厉害的大佬们）在做转录组时，都是在公司做测序，然后数据也交给公司分析，又然后，期待做个差异分析，得出像下图那么完美的热图。 然而，然而，，我们得...
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SCENIC单细胞转录因子分析1. 简介 SCENIC（single-cell regulatory network inference and clustering）是一个基于共表达和motif分析，计...
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单细胞转录调控网络分析工具（TF，motifs）-SCENIC相信很多专题应该已经讲过SCENIC的使用，这儿，针对我自己对SCENIC的学习使用，遇到的问题做一个详细的讲解说明，希望能对大家理解学习应用SCENIC起到一些帮助。 SC...
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单细胞转录组数据分析||Seurat 3.1 ：UMAP的两种实现方法Warning: The default method for RunUMAP has changed from calling Python UMAP via reticu...
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scType进行细胞注释（一）最近看到很多关于scType的推文，听说注释的效果还不错，对于我这种生物学背景薄弱的人来说简直是及时雨，特地学一下。scType相关文件下载地址：https://github...
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FindNeighbors函数报错：Error in validityMethod(as(object, superClass)) : object 'Csparse_validate' not...
解决方法：我的R版本是4.2.2，更换Matrix包版本到1.5.4。 问题：运行FindNeighbors函数出现报错，如下： 根据大佬的文章https://www.jia...
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最近7.7分SCI，单细胞分析+WGCNA+实验验证，有实验条件者可轻易模仿，肿瘤非肿瘤均适合！发表杂志：Biological Procedures Online 影响因子：7.71 生信分析咨询 请关注“生信小课堂”全网同名 研究背景： 结直肠癌(CRC)是全球癌症相...
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【单细胞转录组】人类T细胞亚群分析Marker基因汇总T 细胞（全部）：CD3+ Naive T cell: CD3, CD4, CCR7, CD62L+, IL-7R (CD127), THPOK Tef（效应T细胞）： 辅助...
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热点综述 | 基于人工智能的多组学分析助力癌症精准医学研究多组学技术和人工智能算法的同步发展推动了癌症精确医学的发展。2023年1月《Seminars in Cancer Biology》发表了一篇综述文章，全面总结了基于人工智能的...
