-2. 仅作笔记,仅介绍软件的使用,不涉及原理 -1. 使用的是SNP的数据/vcf文件 https://github.com/DReichLab/AdmixTools 0....
-2. 仅作笔记,仅介绍软件的使用,不涉及原理 -1. 使用的是SNP的数据/vcf文件 https://github.com/DReichLab/AdmixTools 0....
最近看了一篇综述,粗略翻译一下文献:Padhukasahasram, B. (2014). Inferring ancestry from population genomi...
当在Linux命令行中操作时,以下是一些常用的光标操作技巧:移动光标到行首:Ctrl + a移动光标到行尾:Ctrl + e移动光标到上一个单词的开头:Ctrl + ←移动光...
这篇文章主要是介绍绘制进化树用的ggtree以及一些拓展包的基础用法,因为gg系列绘图的逻辑基本是搭积木,这种介绍性的文章能够帮助快速的找到想要的“积木”以及拼接的方法,剩下...
单倍型,是单倍体[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的简称,在遗传学上是指...
目录 前言[https://www.jianshu.com/p/729673778e43] 方法简介[https://www.jianshu.com/p/d9bd081763...
以MYB为例 从pfam网站下载Myb_DNA-binding.hmm 验证提取到的MYB蛋白是否都具有MYB的结构域1.可以使用网站 InterPro (ebi.ac.uk...
不好意思,我没有报过这个错,不过你可以检查seqid和layout文件,这两个文件不要在Windows系统生成,你直接在linux系统中复制粘贴。
[比较基因组] 共线性分析(jcvi)jcvi软件的使用 官网[https://github.com/tanghaibao/jcvi/issues/300] 软件下载 3 测试数据下载(下载前去Phytozome...
此视频来自B站,是非常好和全的的一个GWAS操作的视频,从开始准备软件下载,数据过滤,到最后的候选基因注释。GWAS的实战视频https://www.bilibili.com...
R包版本首先使用conda下载devtools 进入R并使用devtools下载pophelper 如图 成功安装pophelper包 下载指定版本的包
在服务器上经常遇到需要安装某个软件包的时候发现需要root权限才可以执行编译以进行安装。那么除了向管理员申请superuser的权限这样比较麻烦的处理以外就需要掌握如何在没有...
写在前面:我对建树也是一知半解,这里只是想记录一下自己跟别人学习的建树方法,可能不具有普适性。但毕竟写在公众平台,大家选择性参考。 主要的步骤包括用jModelTest来选择...
关于该软件的计算可选参数以及结果文件的解读,见前三篇分享: 序列比对软件 MUMmer 快速上手(一)[https://www.jianshu.com/writer#/not...
Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段(短读 short reads)“覆盖”的强度有多大? 每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序...
单体型概念及起源 单体型的概念 一个染色体区域中所有相关联的SNP等位基因的集合或位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点被称为一个单体(haplotype)。 如:...