@JosieC 都是 RNA assay，但是可能是不同的 slot
单细胞分析踩坑实录：DotPlot()之'RNA' assay还是 'integrated' assay?前段时间在生信技能树单细胞学习小分队分享单细胞文章复现，一不小心就踩了一个坑……记录在这儿和大家一起分享。 背景 主要是想复现2020年发表在 PNAS 上的一篇题为 Sin...
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R可视化之ComplexHeatmap【三】：拆分
特别声明：本部分（系列）内容均来自顾祖光博士对ComplexHeatmap的介绍，仅为学习交流，尊重原创。 热图系列我们已经有： R可视化之ComplexHeatmap【一】...
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PyTorch 模型性能分析和优化 - 第 2 部分动动发财的小手，点个赞吧！ 这是有关分析和优化在 GPU 上运行的 PyTorch 模型主题的系列文章的第二部分。在第一篇文章中，我们演示了使用 PyTorch Profil...
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拨云见日——数据降维与可视化生物本身就是一个复杂的体系，我们必须使用多维数据来对之进行准确描述，而这一点在生物信息学领域体现的尤为突出，以经典的转录组数据为例： bulk RNA-seq作为一种经典的基...
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可视化系列【六】：跟着Nature Communications学画图：棒棒糖图不积跬步，无以至千里 本期我们尝试复现2023年7月7日发表在Nature Communications上的Molecular profiling of aromatase ...
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可视化系列【五】：用ggplot2实现气泡图绘制遇到有人问，如何使用ggplot2绘制这样的气泡图： 于是找了个nature communications中的数据来尝试进行绘制，但具体是哪篇文章我可能已经无法溯源了，不过好...
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@FangRan RNA assay 的 data slot
单细胞数据整合分析——批次效应（batch effect）去除
在单细胞分析当中，经常会遇到整合分析的问题，即去除多样本数据之间的批次效应（batch effect），那么什么是批次效应呢？简而言之，批次效应就是由于不同时间、不同实验人员...
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将python程序打包成exe的pyinstaller
将python程序打包成exe 打包成exe需要安装第三方库：pip install pyinstaller安装完成，cmd中输入pyinstaller回车查看是否安装成功；...
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limma 包的normalizeBetweenArrays和其他数据矫正方法原文链接：https://my.oschina.net/u/4503882/blog/4511789[https://my.oschina.net/u/4503882/blo...
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@f2558914b1f3 哪一张
一文阐述链特异性测序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?
小小的眼睛里，装着……大大的疑惑 全文2800字，伤脑筋…… 今天尝试把自己对于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 这个问题的理解给...
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如何反转ggplot2中的图例键顺序动动发财的小手，点个赞吧！ 在本教程[https://datavizpyr.com/reverse-legend-key-order-in-ggplot2/]中，我们将学习如...
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@2d99ad195479 应该不会有问题，只是取了子集而已，再查一下代码
细胞通讯分析【一】——CellChat上游分析
本期内容已同步分享至单细胞天地 细胞通讯是指细胞与细胞之间的联系。细胞和人类一样，多细胞生物的很多细胞会相互作用，形成“细胞社会”，在这个社会里，细胞与细胞之间会发生相互作用...
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@2d99ad195479 看看其他工具，celltalker cellphonedb
细胞通讯分析【一】——CellChat上游分析
本期内容已同步分享至单细胞天地 细胞通讯是指细胞与细胞之间的联系。细胞和人类一样，多细胞生物的很多细胞会相互作用，形成“细胞社会”，在这个社会里，细胞与细胞之间会发生相互作用...
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@2d99ad195479 我记得新版本还有斑马鱼，应该只能做这三个物种，因为他们手动搜集的数据库只包含这三个物种
细胞通讯分析【一】——CellChat上游分析
本期内容已同步分享至单细胞天地 细胞通讯是指细胞与细胞之间的联系。细胞和人类一样，多细胞生物的很多细胞会相互作用，形成“细胞社会”，在这个社会里，细胞与细胞之间会发生相互作用...
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STAR 没有这个参数，比对的时候无关库的类型哈
一文阐述链特异性测序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?
小小的眼睛里，装着……大大的疑惑 全文2800字，伤脑筋…… 今天尝试把自己对于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 这个问题的理解给...
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有没有办法向工信部举报啊
看简书变化——简书广告
欢迎大家阅读新一期的《看简书变化——简书广告》，虽然每天写的文章除了自己，也没什么人看，但也坚持写下去，算是培养自己的习惯吧！记录生活嘛！好的，废话不多说，今天我们来聊一聊简...