@Bio_Infor 好的 谢谢啦 我还想问问如果subset的地方选择的是KEGG 后面的流程是一样的吗 我发现如果是kegg 后面直接那么跑一直报错
细胞通讯分析【一】——CellChat上游分析本期内容已同步分享至单细胞天地 细胞通讯是指细胞与细胞之间的联系。细胞和人类一样，多细胞生物的很多细胞会相互作用，形成“细胞社会”，在这个社会里，细胞与细胞之间会发生相互作用...
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@Bio_Infor 好吧 谢谢了 我的是其他物种 看来不能做了
细胞通讯分析【一】——CellChat上游分析
本期内容已同步分享至单细胞天地 细胞通讯是指细胞与细胞之间的联系。细胞和人类一样，多细胞生物的很多细胞会相互作用，形成“细胞社会”，在这个社会里，细胞与细胞之间会发生相互作用...
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请问只有人和小鼠可以用cellchat来做细胞通讯分析吗
细胞通讯分析【一】——CellChat上游分析
本期内容已同步分享至单细胞天地 细胞通讯是指细胞与细胞之间的联系。细胞和人类一样，多细胞生物的很多细胞会相互作用，形成“细胞社会”，在这个社会里，细胞与细胞之间会发生相互作用...
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请问只有人和小鼠可以用cellchat来做细胞通讯分析吗
使用cellchat进行细胞间通讯分析
安装R包 如果安装不成功，可能是1.You might need to manually intall the dependencies ComplexHeatmap usi...
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为什么要找到双细胞以后再做findmarker？我看教程好像只是找到双细胞了 但是并没有去除双细胞 那为什么还要找到双细胞以后再做findmarker呢
scRNAseq双细胞去除-1: DoubletFinder
10x平台的双细胞率（符合泊松分布1）： 根据Poisson分布，单个液滴包含超过一个细胞（doublets或multiplets）的频率随着上机细胞的浓度而改变。通常如果上...
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请问已知的lncRNA是怎么鉴定得到的
lncRNA分析
处理原始数据文件 rawdata质控 统计cleandatabase 建立索引 hisat2比对 排序 统计比对率 stringTie组装 合并转录本 定量 ballgrow...
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请问已知的lncRNA应该如何鉴定呢？
【转录组学】LncRNA鉴定思路与软件比较分析
1.非编码RNA简介 非编码RNA是一类被认为不具备编码能力RNA，目前已知的已经有十多种，主要包括了：小RNA(sRNA) <40nt、小干扰RNA、miRNA(18-24...
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miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】该教程分为2部分，第1部分在：miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】 到此时，原始...
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lncRNA不是非编码RNA吗 UTR序列怎么得到呢？ensemble里没有我想研究的物种信息
如何用targetScan miRanda RNAhybrid预测lncRNA和circRNA的靶向miRNA
targetScan 需要准备两个文件，一个miRNA序列种子文件和lncRNA UTR序列文件。文件格式如下： 脚本可从targetScan[http://www.targ...
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请问 我运行miRDeep2.pl test_collapsed.fa genome test.arf none none none 2>>report.log 没有得到有count的结果文件 是在哪个文件里呢 我没有得到expression analysis这个文件夹
使用mirDeep2进行miRNA-seq数据分析
软件安装 首先从GitHub上下载最新的miRDeep2 使用install.pl脚本进行安装 会有如下的提示信息 可以按照他的要求，直接使用source ~/.bashrc...
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请问 我运行miRDeep2.pl test_collapsed.fa genome test.arf none none none 2>>report.log 没有得到有count的结果文件 是在哪个文件里呢 我没有得到expression analysis这个文件夹
miRNA分析-比对（二）
本文简单阐述miRNA分析中，如何对其数据进行比对 早先简单介绍如何对miRNA数据进行过滤miRNA分析--数据过滤（一）[https://www.jianshu.com/...
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您好 请问miRDeep2.pl reads_collapsed.fa cel_cluster.fa reads_collapsed_vs_genome.arf none none none 2 > report.log 我运行了一下 得不到expression_analysis的文件夹 是我弄得不对吗
miRDeep2学习笔记
本文转自 http://www.cnblogs.com/ZHshuang463508120/p/3593679.html 一、mirDeep2安装 下载和解压 wget ht...
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@6885763965c0 好像没问题这个比对率
featurecounts的使用说明
官网：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文献参考：featureCounts: an efficient general purpos...
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想问一下我用feature定量的比对率才有50% 但是我的转录组比对到基因组上的比对率有97% 那我的feature定量是不是有点问题呀
featurecounts的使用说明
官网：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文献参考：featureCounts: an efficient general purpos...
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请问这个比对不应该是分别比对到内含子和外显子上然后去除吗
miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】
该教程分为2部分，第1部分在：miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】 到此时，原始...
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您好 请问一下gihub上的脚本适用的是提取基因组上所有的内含子和外显子序列吗 我的按照这个脚本不知道为什么得到的只有x染色体上的内含子和外显子序列
如何提取一个基因组中所有intron
最近有个任务需要从基因组中提取所有的内含子（intron）区域。一开始觉得很简单，用ensembl上的biomart或者ucsc genome browser一顿猛点应该就可...
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您好我用了在gihub中发布的那个脚本 报错信息为SyntaxError: invalid syntax
File "/hanruobing/transcript/exon-2/shishi/extractExon_and_Intron_from_gtf.py", line 157
print "Done!"
^
SyntaxError: Missing parentheses in call to 'print'. Did you mean print("Done!")? 请问该怎么解决呀如何提取一个基因组中所有intron
最近有个任务需要从基因组中提取所有的内含子（intron）区域。一开始觉得很简单，用ensembl上的biomart或者ucsc genome browser一顿猛点应该就可...
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@就是大饼 谢谢您
KaKs_Calculator 3.0（2.0）的安装与使用（搭配ParaAT）
1 介绍 参考文献：Zhang Z . KaKs_calculator 3.0: Calculating selective pressure on coding and n...
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您好 我想问一下我再kaks和para一起使用的时候 从文件里提取除了同源基因对的cds和pep文件 但是axt和kaks文件却是空的 打开nohup看报错信息 开始写的是都ok 但是往下翻写的是sh: Epal2nal.pl找不到 我已经把他的路径加到了环境变量里 我想问这可能是因为什么原因呢
KaKs_Calculator 3.0（2.0）的安装与使用（搭配ParaAT）
1 介绍 参考文献：Zhang Z . KaKs_calculator 3.0: Calculating selective pressure on coding and n...
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您好 我想问一下为什么我执行这一步的时候
so <- sleuth_prep(s2c,extra_bootstrap_summary = TRUE)
会显示如下的报错信息呀
reading in kallisto results
dropping unused factor levels
......
Error in if (any(counts_test$total == 0)) { :
需要TRUE/FALSE值的地方不可以用缺少值RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2)
Kallisto下游推荐的分析软件是Sleuth，所以我们本次介绍如何使用Sleuth进行相关的分析。 RNA-seq在完成转录本的鉴定及定量后，我们经常做的分析之一就是差异...