因为barcode名字可能有重复，建议在创建对象后用RenameCells函数（里面有个add.cell.id ）把细胞ID改一下。
2021-05-26 单细胞分析之harmony与Seurat参考：生信会客厅 harmony原理 Harmony需要输入低维空间的坐标值（embedding），一般使用PCA的降维结果。Harmony导入PCA的降维数据后，会采用so...
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@Bio_Infor 谢谢您的回复。我想问一下整合以后的数据和未整合的数据分别用哪个呢？
单细胞数据整合分析——批次效应（batch effect）去除
在单细胞分析当中，经常会遇到整合分析的问题，即去除多样本数据之间的批次效应（batch effect），那么什么是批次效应呢？简而言之，批次效应就是由于不同时间、不同实验人员...
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请问下游做差异分析的时候比如findmarkers使用的是scRNA@assays$RNA@counts数据还是scRNA@assays$RNA@data中的数据呢？
单细胞数据整合分析——批次效应（batch effect）去除
在单细胞分析当中，经常会遇到整合分析的问题，即去除多样本数据之间的批次效应（batch effect），那么什么是批次效应呢？简而言之，批次效应就是由于不同时间、不同实验人员...
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请问差异分析使用的是scRNA@assays$RNA@counts数据还是scRNA@assays$RNA@data中的数据呢？
单细胞数据整合-1：Harmony原理介绍和官网教程
1. 原理介绍 官网：https://github.com/immunogenomics/harmony[https://github.com/immunogenomics/...