scRNA矩阵存储的文件格式有10X单细胞测序数据、h5、h5ad、loom：10X单细胞测序数据经过cellranger处理后会得到矩阵的三个文件：matrix.mtx...
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一网打尽scRNA矩阵格式读取和转化(h5 h5ad loom) -
单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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KEGG pathway 注释整理
KEGG pathway 注释整理 获得KEGG注释 通过eggnog-mapper和interproscan两个软件(或数据库)，可以获得KEGG ORTHOLOGY(KO...
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perl 模块安装与使用
查看perl 版本 查看perl模块搜索路径 查看某个perl模块是否存在 模块安装方法1 —— 命令行形式安装Set::IntervalTree 模块安装方法2 —— co...
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全基因组 - 人类基因组变异分析（PacBio) （5）-- pbsv以Pacific Biosciences （PacBio）公司为代表的第三代单分子实时荧光测序平台为以测序为基础的科学研究带来了革命性的突破。目前该技术广泛应用于基因组Den...
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使用log2FC排序的基因集进行GSEA分析目前做GSEA主要有两种办法，一种是使用GSEA的java软件，另一种是使用R语言包，当时还有在线的工具做GSEA的数据也有两种，一种是有基因表达矩阵和分组，另一种是使用两列...
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Pearson、Spearman相关系数的区别
相关系数主要分为Pearson、Spearman相关系数 0.8-1.0 极强相关0.6-0.8 强相关0.4-0.6 中等程度相关0.2-0.4 ...
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R做多元线性回归全攻略R中的线性回归函数比较简单，就是lm()，比较复杂的是对线性模型的诊断和调整。这里结合Statistical Learning和杜克大学的Data Analysis and ...
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生信 | 基因组组装实战（六）：基因组质量、一致性、保守性、LAI等评估写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.基因组组装指标评估 为什么...
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R可视化之pheatmap绘制聚类热图并导出聚类后基因顺序
100天生信-Day1 热图是很方便的数据可视化方法，很多情景下简单、实用。比如在拿到RNA-seq表达矩阵后大概看一个表达情况，而且可以做个聚类大体了解基因表达模式（当然样...
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Samtools view 提取比对到参考基因组上的序列
samtools view 提取比对结果相关参数 -f 提取 ## -f 4 提取出没有mapping上的reads-F 过滤 ## -F 4 过滤掉没有mapping上的r...
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samtools flagstat 统计结果的理解
比对结束后，需要了解比对结果的情况，可以采用samtools flagstat进行统计samtools flagstat统计bam文件比对后每一个参数的解释如下： 如果有些结...
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officer、flextable包生成word报告officer是一个生成（处理）Word（docx）和PowerPoint（pptx）的R包。与ReportRs包相比速度要更快，依赖包也更少（好像也是这个作者写的，但是Re...
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R绘图_ggplot2绘制Error barError bar 本教程介绍了如何使用R软件和ggplot2软件包创建带有误差线的图形。 1. 数据准备 统计函数代码 或者使用Rmisc包统计函数 2. 带误差条的条形图...
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2021-05-25 picard和beagle软件使用过程中遇到的各种问题声明：因为本人使用过程中遇到了很多原来人碰得到的问题，放防止以后遗忘，所以做一下记录，因为前总结的很到位，所以直接引用到自己日常记录，供日后查阅。 主要引用为：【原创文章】辣...
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利用NetworkAnalyst工具进行基因差异分析NetworkAnalyst是个集基因表达和荟萃分析的可视化在线分析平台，分析内容包括：差异分析、功能分析和网络分析。 NetworkAnalyst在线工具网址：https:...
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2023-02-20 SnpSift 安装及使用
SnpSift 可以分割染色体，截取部分vcf文件。具体使用方法见：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details...
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一文读懂R语言corrplot相关热图分析及美化！！！（附图详解，建议收藏）
gzh原文点我，欢迎同时关注[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIwODAxMzc5Mw==&mid=2247489477&idx=1&s...
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2020-06-17基因组坐标转换随着基因组数据的不断完善，序列信息的不断更新，一个物种的基因组会有多个不同的组装版本。以人为例，目前就有hg16、hg17、hg18、hg19、hg38这几个组装版本。那么如...
