午夜时分，刚忙完工作，就最近发生的在自己身上的事情，来写写文字，记录一下自己的感受和思考，发到网上也是为了和广大网友交流、学习，共同进步。 就是去年十月份的时候，我所在的公司...
发简信
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一个人最宝贵的东西是什么？
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一觉醒来生信工程师的天塌了大家好，沉寂很久，我又回来了。当前的人工智能（Artificial Intelligence，AI）大浪潮汹涌澎湃，AI大语言模型质的突破，加速了人类实现通用AI和强AI的进...
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Seurat: 修改 active.ident
1. Seurat 自带方法 Idents(Seurat_object) <- "Column_name_in_metadata" 2. 自己写的方法
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单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞
公众号后台回复20210418，获取本文的测试数据 1. 回顾 前面我已经讲解了inferCNV的基本用法[https://www.jianshu.com/p/c01f56b...
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Seurat包之导入单细胞数据方式汇总挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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SeuratData内置数据集的安装使用
SeuratData SeuratData是一种使用R的内部软件包和数据管理系统以Seurat对象形式分发数据集的机制。它为用户提供了一种访问Seurat小插曲中使用的数据集...
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mouse和human的rRNA参考序列数据库
1. ##从rfam下载所有的序列## wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam/12.0/fasta_files/* cat ...
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Rfam的安装和使用Rfam是用来鉴定非编码RNA的数据库，常用于注释新的核酸序列或基因组序列。 最新版本的Rfam14.4，已经包含了3941个家族。 Rfam官方网址：https://rfa...
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R语言接受命令行参数的三种方式
R语言接受命令行参数的三种方式 最近要用一下R的命令行，但是发现命令行参数不是很友好，就总结了一下目前常用的R的命令行参数的接受方法。 平常我们使用R语言的时候常常都是在交互...
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Seurat取子集时会用到的函数和方法在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
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scRNA-Seq | 单细胞亚群合并与提取本文涉及：亚群合并，亚群提取，亚群细分，亚群抽样 一般来讲，不同亚群的细胞具有不同的功能，因此亚群分析对于研究十分重要，会影响后续分析结果。 进行细胞亚群的分群的依据： 细胞...
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Linux下的并行神器——parallel
GNU Parallel是一个shell工具，为了在一台或多台计算机上并行的执行计算任务。本文简要介绍GNU Parallel的使用。 1、parallel 用法简介 1.1...
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植物基因组学-专属于小麦的测序数据库IWGSC今天将为大家介绍小麦的特有的生物学网站，该数据库是由国际小麦基因组测序联盟(International Wheat Genome Sequencing Consortium,...
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无痛从seurat迁移到monocle3（UMAP seurat cluster）
注意，这里使用的seurat对象要求已经run过runUMAMP()findCluster等函数，否则也没有必要把seurat的结果弄到monocle3的cds对象里 1. ...
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一网打尽scRNA矩阵格式读取和转化(h5 h5ad loom)scRNA矩阵存储的文件格式有10X单细胞测序数据、h5、h5ad、loom：10X单细胞测序数据经过cellranger处理后会得到矩阵的三个文件：matrix.mtx...
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单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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KEGG pathway 注释整理
KEGG pathway 注释整理 获得KEGG注释 通过eggnog-mapper和interproscan两个软件(或数据库)，可以获得KEGG ORTHOLOGY(KO...
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perl 模块安装与使用
查看perl 版本 查看perl模块搜索路径 查看某个perl模块是否存在 模块安装方法1 —— 命令行形式安装Set::IntervalTree 模块安装方法2 —— co...
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全基因组 - 人类基因组变异分析（PacBio) （5）-- pbsv以Pacific Biosciences （PacBio）公司为代表的第三代单分子实时荧光测序平台为以测序为基础的科学研究带来了革命性的突破。目前该技术广泛应用于基因组Den...
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使用log2FC排序的基因集进行GSEA分析目前做GSEA主要有两种办法，一种是使用GSEA的java软件，另一种是使用R语言包，当时还有在线的工具做GSEA的数据也有两种，一种是有基因表达矩阵和分组，另一种是使用两列...