适用背景 之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析[https://www.jianshu.com/p/71ed43163ce1]，但生成的结果没有进行可视化，...
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SCENIC/pySCENIC结果可视化 2022-11-08 -
安装pySCENIC报错安装pySCENIC报错：AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'object'. 刚开始安装pySCENIC的代码...
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STOmics-seq：Stereopy教程（一）一、背景介绍 大家其实对华大测序的原理什么的都知道，但是以下概念是比较重要的，什么是DNB，bin，我们怎么选择binsize的大小等问题就至关重要了。首先解释以下DNB和b...
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三种空间组学数据类型的读取你是否为各种各样的空间转录组数据类型而眼花缭乱？你是否想要复现文章中的分析而倒在了数据读入？你是否希望学习空间转录组数据分析却又无从下手？今天，我们就和大家一起来学习多种类型...
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10X单细胞（10X空间转录组）基因调控网络分析之Pandohello，又是新的一周，我们又要开始分享一些前言的内容了，大家一定要与时俱进，不要裹足不前。 今天的内容是分析单细胞或者空间转录组数据的调控网络分析,这个方法需要用到scR...
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10X单细胞空间联合分析之cell2location的详细梳理又是周五，马上元旦，不知道大家打算怎么跨年呢？但是，今天还是工作日，我们还是要学习学习，不负韶华。 这一篇还是想详细梳理一下cell2location，包括算法以及代码的写法...
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Seurat: 修改 active.ident
1. Seurat 自带方法 Idents(Seurat_object) <- "Column_name_in_metadata" 2. 自己写的方法
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单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞
公众号后台回复20210418，获取本文的测试数据 1. 回顾 前面我已经讲解了inferCNV的基本用法[https://www.jianshu.com/p/c01f56b...
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Seurat包之导入单细胞数据方式汇总挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
