1. Seurat 自带方法 Idents(Seurat_object) <- "Column_name_in_metadata" 2. 自己写的方法
发简信
IP属地：广东
-
Seurat: 修改 active.ident
-
单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞
公众号后台回复20210418，获取本文的测试数据 1. 回顾 前面我已经讲解了inferCNV的基本用法[https://www.jianshu.com/p/c01f56b...
-
Seurat包之导入单细胞数据方式汇总挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
-
SeuratData内置数据集的安装使用
SeuratData SeuratData是一种使用R的内部软件包和数据管理系统以Seurat对象形式分发数据集的机制。它为用户提供了一种访问Seurat小插曲中使用的数据集...
-
mouse和human的rRNA参考序列数据库
1. ##从rfam下载所有的序列## wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam/12.0/fasta_files/* cat ...
-
Rfam的安装和使用Rfam是用来鉴定非编码RNA的数据库，常用于注释新的核酸序列或基因组序列。 最新版本的Rfam14.4，已经包含了3941个家族。 Rfam官方网址：https://rfa...
-
R语言接受命令行参数的三种方式
R语言接受命令行参数的三种方式 最近要用一下R的命令行，但是发现命令行参数不是很友好，就总结了一下目前常用的R的命令行参数的接受方法。 平常我们使用R语言的时候常常都是在交互...
-
Seurat取子集时会用到的函数和方法在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
-
scRNA-Seq | 单细胞亚群合并与提取本文涉及：亚群合并，亚群提取，亚群细分，亚群抽样 一般来讲，不同亚群的细胞具有不同的功能，因此亚群分析对于研究十分重要，会影响后续分析结果。 进行细胞亚群的分群的依据： 细胞...
