这个世界流行离开，但我们却不擅长告别
发简信
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@初色 看起来是你有一个变量没有内容
如何构建表达矩阵——RNAseq中游分析
中游分析这个词是我杜撰的，用来强调表达矩阵构建过程并不简单。 0 前言 前几天Jimmy老师发了一篇 我用这个技能一杯咖啡的功夫就挣了800块钱，讲了他帮一个粉丝从公共数据库...
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单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化
这一个分析，我目前只在Nature Communications上面看到过两篇文章，都是2020年发表的。肿瘤进化是单细胞里面做肿瘤内部异质性一个比较创新的角度，我参与的课题...
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在原有的UMAP上标注RNA velocity
1.读入RNA velocity的loom文件,并提取spliced文件和unspliced文件 2.提取原有的用seurat做的UMAP的图。 3.将RNA velocit...
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单细胞谱系分化高级算法2021.02.14今天收集了三个与谱系分化有关的单细胞高级算法：MAGIC（2018 Cell），PHATE（2019 NBT），Palantir（2019 NBT）。它们...
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使用HINT-ATAC进行ATAC-Seq的footprinting分析关于ATAC-seq分析，在网上看到两篇关于同一片综述的翻译，写的很好：ATAC-seq数据分析工具的比较和推荐（Genome Biology综述）ATAC-seq生信分析综...
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@请你吃糖_94e5 不客气~
如何构建表达矩阵——RNAseq中游分析
中游分析这个词是我杜撰的，用来强调表达矩阵构建过程并不简单。 0 前言 前几天Jimmy老师发了一篇 我用这个技能一杯咖啡的功夫就挣了800块钱，讲了他帮一个粉丝从公共数据库...
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单细胞转录组学习笔记-18-scRNA包学习Monocle2刘小泽写于19.9.2-第三单元第七讲：使用scRNA包学习Monocle2笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：h...
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Monocle2包学习笔记（三）：Constructing Single Cell Trajectories
image Monocle2使用反向图嵌入（Reversed Graph Embedding）的机器学习算法，来对单细胞RNA-seq数据进行单细胞发育轨迹推断分析。Mono...
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GENIE3 || 基因调控网络推断前情提要：AUCell：在单细胞转录组中识别细胞对“基因集”的响应[https://www.jianshu.com/p/2fb20f44da67]RcisTarget || ...
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单细胞轨迹推断分析（拟时间分析）dyno使用教程作者：yuanzan链接：dyno使用教程--1个R包实现59种单细胞轨迹推断分析)来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 在上一期的《单细胞轨迹分析...
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单细胞轨迹（拟时间）分析软件方法选择指导原则作者：seqyuan链接：单细胞轨迹分析知多少--拟时间分析比较来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 单细胞转录组、蛋白组、表观组学等单细胞技术的发...
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scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...
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scRNA-seq数据分析 || Monocle3同系列文章： sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jianshu.com/p...
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@当鸭遇到鸡 嗯有道理呀
提问|如何批量统计区间测序覆盖度？
项目背景 对bam文件按多种自定义的划窗来统计区间的测序覆盖度。 我的需求 对于同一个bam文件，根据不同分割条件产生的多个bed文件，循环批量计算测序覆盖度。 比如，输入为...
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@当鸭遇到鸡 bedtools不能多线程，没办法啦
提问|如何批量统计区间测序覆盖度？
项目背景 对bam文件按多种自定义的划窗来统计区间的测序覆盖度。 我的需求 对于同一个bam文件，根据不同分割条件产生的多个bed文件，循环批量计算测序覆盖度。 比如，输入为...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
