这一个分析，我目前只在Nature Communications上面看到过两篇文章，都是2020年发表的。肿瘤进化是单细胞里面做肿瘤内部异质性一个比较创新的角度，我参与的课题...
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单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化
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在原有的UMAP上标注RNA velocity
1.读入RNA velocity的loom文件,并提取spliced文件和unspliced文件 2.提取原有的用seurat做的UMAP的图。 3.将RNA velocit...
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使用HINT-ATAC进行ATAC-Seq的footprinting分析关于ATAC-seq分析，在网上看到两篇关于同一片综述的翻译，写的很好：ATAC-seq数据分析工具的比较和推荐（Genome Biology综述）ATAC-seq生信分析综...
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单细胞转录组学习笔记-18-scRNA包学习Monocle2刘小泽写于19.9.2-第三单元第七讲：使用scRNA包学习Monocle2笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：h...
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Monocle2包学习笔记（三）：Constructing Single Cell Trajectories
image Monocle2使用反向图嵌入（Reversed Graph Embedding）的机器学习算法，来对单细胞RNA-seq数据进行单细胞发育轨迹推断分析。Mono...
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GENIE3 || 基因调控网络推断前情提要：AUCell：在单细胞转录组中识别细胞对“基因集”的响应[https://www.jianshu.com/p/2fb20f44da67]RcisTarget || ...
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单细胞轨迹推断分析（拟时间分析）dyno使用教程作者：yuanzan链接：dyno使用教程--1个R包实现59种单细胞轨迹推断分析)来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 在上一期的《单细胞轨迹分析...
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单细胞轨迹（拟时间）分析软件方法选择指导原则作者：seqyuan链接：单细胞轨迹分析知多少--拟时间分析比较来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 单细胞转录组、蛋白组、表观组学等单细胞技术的发...
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scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...
