KOBAS网站，登录不进去啦~😢
GO、KEGG富集分析——DAVID与KOBAS在线分析工具在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAV...
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组间差异检验，终于有人讲清楚了!什么是组间差异检验？就是组间的差异分析以及显著性检验，应用统计学上的假设检验方法，检验组间是否有差异及其差异程度。坦率地讲，所有的差异检验都基于一个假设：组间没有差异，变量之...
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R-SCENIC 单细胞转录因子调控网络分析文章接受，终于有空再发点笔记了😃 SCENIC_Tutorial[#scenic_tutorial]Setup[#setup]Load Packages[#load-pack...
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TIMER (Tumor Immune Estimation Resource)数据库分析肿瘤组织中免疫细胞的浸润情况TIMER (Tumor Immune Estimation Resource)数据库也是用高通量测序(RNA-Seq表达谱)数据分析肿瘤组织中免疫细胞的浸润情况，主要提供B...
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梦蝶蓝天宇 ·
在linux中对gencode的gtf注释文件grch38.gtf.gz进行以下操作就可以得到含有ensembl_id和symbol 相对应的文件了，
之后可以参照楼主的步骤进行id转化，即可完美进行ensembl_id转化为symbol~~~
zcat grch38.gtf.gz >38.txt
awk -F 'gene_id \"' '{print $2}' 38.txt|awk -F '\"' '{print $1}' >gene_id.txt
awk -F 'gene_name \"' '{print $2}' 38.txt|awk -F '\"' '{print $1}' >gene_name.txt
paste gene_id.txt gene_name.txt >e2s_grch38.txt
uniq e2s_grch38.txt >e2s_grch38_gencode.txt -
RNA-seq完整分析过程linux基本命令 第六章 Linux文件与目录管理 极客学院服务器 高通量相关基础知识 生信一百讲 1、 Anaconda Anaconda是一个Python下和Canop...
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@pudding815 建议先学习下Seurat的标准处理流程吧
适用于scRNA-seq的细胞通讯工具-1：CellphoneDB
先记录一下，我安装过程的惨痛经历😭，希望小伙伴们避免像我一样入坑。起初每一次安装，不论是使用conda还是pip工具，发现安装好的CellphoneDB（4.0.0）在she...
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注释好细胞后，提取count和metadata，再使用SingleCellExperiment函数构建
适用于scRNA-seq的细胞通讯工具-1：CellphoneDB
先记录一下，我安装过程的惨痛经历😭，希望小伙伴们避免像我一样入坑。起初每一次安装，不论是使用conda还是pip工具，发现安装好的CellphoneDB（4.0.0）在she...
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@pudding815 OKOK，解决啦，感谢🤗
cellphoneDB呕心沥血下载安装教程
我安装了一天之后快哭了，然后去100块买了个老师指导生信自学要么哭要么花钱，就是我这个垃圾1、安装https://github.com/ventolab/CellphoneD...
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博士生指南 | 读博路上那些忠告，献给你们！
我们读过所有的书都不会白读，它总会在未来的某个场合，帮我们表现得更出色。 一、学术篇 01 不要对自己的潜力做太大指望 一开始你会觉得你获得诺奖级别成果，后来你想着能发 Na...
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适用于scRNA-seq的细胞通讯工具-3：NicheNet
今天再学习一下第三个适用于单细胞转录组数据的细胞通讯工具:NicheNet，与其他常见细胞通讯分析软件（CellphoneDB，cellchat等工具）相比而言，NicheN...
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cellphoneDB呕心沥血下载安装教程
我安装了一天之后快哭了，然后去100块买了个老师指导生信自学要么哭要么花钱，就是我这个垃圾1、安装https://github.com/ventolab/CellphoneD...
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note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
ERROR: Failed building wheel for scikit-learn
Failed to build scikit-learn
ERROR: Could not build wheels for scikit-learn, which is required to install pyproject.toml-based projects
你好，博主，今天在安装时，一直出现这个错误，查了下好像是版本不兼容问题，但是我安装了多个版本依旧是这个问题。不知道，博主有没有遇到过这个问题？😣😣cellphoneDB呕心沥血下载安装教程
我安装了一天之后快哭了，然后去100块买了个老师指导生信自学要么哭要么花钱，就是我这个垃圾1、安装https://github.com/ventolab/CellphoneD...
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2021-03-01 探索 msigdbr 包http://bioinf.wehi.edu.au/software/MSigDB/[http://bioinf.wehi.edu.au/software/MSigDB/]i...
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【R语言】超几何分布-富集分析-富集度计算
使用R语言的包计算超几何分布下的富集程度及Pvalue 参照其他博主的 内容，超几何分布是一种非常常见的分布，常用来表示在N个物品中有指定商品M个，不放回抽取n个，抽中指定商...
