刘小泽写于2020.5.29这篇文章做了一件事，就是帮助我们区分不同的批次矫正方法，然后比较了一下优劣 文章题目：Flexible comparison of batch c...
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小泽看文献 | 用BatchBench比较scRNA批次矫正方法 -
来自不同平台GEO数据批次效应除去批次效应除去-GEO案例分析 最近分析来自不同平台的GEO数据，GEO分析推荐学习Jimmy大神的B站视频，也可以学习我之前的教程。limma和sva两种方法进行批次效应去除...
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多种批次效应去除的方法比较-转自生信技能树
多种批次效应去除的方法比较 原创 生信技能树 前面我在生信技能树推文：你确定你的差异基因找对了吗？ 提出了文章的转录组数据的60个样品并没有按照毒品上瘾与否这个表型来区分，而...
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困扰的batch effect一、什么是批次效应 批次效应（batch effect），表示样品在不同批次中处理和测量产生的与试验期间记录的任何生物变异无关的技术差异。批次效应是高通量试验中常见的变异来源...
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AI | 绘制通路图与热图的组合图经常有小伙伴问如何绘制下图这样代谢通路与热图的组合图，其中的代谢通路一般都需要经过“简化合并”，而热图一般使用通路中部分关键基因的表达量差异倍数（Log2FC）进行绘制，这样...
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文献推荐—整合蛋白质组和磷酸化蛋白质组展示T信号传导网络和生物能量通路前言：未成熟T细胞处于静止状态，这时细胞尺寸很小，到G0期时变成活跃状态。当抗原刺激后，T细胞受体TCR便引发了一系列的下游反应，包括招募白细胞介素2和细胞表面受体，启动细胞...
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Notch信号传导通路Notch信号传导通路是决定细胞命运的最重要的通路之一。Notch通路比较复杂，主要由四部分组成：Notch受体、Notch配体、CSLDNA结合蛋白、下游靶基因。其中任何一...
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典型关联分析(CCA)原理总结（转自刘建平Pinard）
典型关联分析(Canonical Correlation Analysis，以下简称CCA)是最常用的挖掘数据关联关系的算法之一。比如我们拿到两组数据，第一组是人身高和体重的...
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使用metaCCA进行单/多个SNP与多表型的典型相关性分析
欢迎来到"bio生物信息"的世界 新年的第一篇更文。 祝大家新春快乐！身体健康！ 18号回家以后，经历了如下过程。 20号 喉咙痛 21号 喉咙痛 22号喉咙痛 咳嗽 23-...
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2022《Plant Cell》蛋白组+代谢组2022年6月，北得克萨斯州大学、橡树岭国家实验室在 Plant Cell（IF=12.085）在线发表了题为“ Proteomic and metabolic distur...
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当宏基因组遇见宏蛋白组好了，让我们持续关注肠道微生物菌群（gut microbiota ，GM）。 众所周知，目前研究宏基因组最常用方法的是扩增子、和全基因组测序。虽然方法简单高效，但缺点也是显示...
