@老板拿两盒凤梨酥 可能是你的基因集确实没有富集，还有就是可能你的物种和数据库里的差距太大，在寻找同源基因的时候没有找到，导致后边没有富集。
非模式生物KEGG富集分析写在前面 因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。所以自己尝试使用KAAS造一个...
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先获得每个ko对应的K的数量，以文中的图为例是ko00100对应的K有663个，然后可以用R语言获得一个重复ko00100 663次的table，类似这种操作。
非模式生物KEGG富集分析
写在前面 因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。所以自己尝试使用KAAS造一个...
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@keep_8a60 KO号是不对应物种的，选特定物种的时候在pathway那里应该有organism的选项。
非模式生物KEGG富集分析
写在前面 因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。所以自己尝试使用KAAS造一个...
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@小明在做游戏 首先获得每个ko对应的K的数量，以文中的图为例是ko00100对应的K有663个，然后可以用R语言获得一个重复ko00100 663次的table，类似这种操作。
非模式生物KEGG富集分析
写在前面 因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。所以自己尝试使用KAAS造一个...
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一个高杂合真菌基因组组装脚本（改代码版）
前言及背景 什么是基因组de novo测序？其是对某一物种进行高通量测序，利用高性能计算平台和生物信息学方法，在不依赖于参考基因组的情况下进行组装，从而绘制该物种的全基因组序...
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我太不理解您所说的brite具体是指什么，其实pathway也是一个brite，较低层级的brite就是特定的酶，一般是没法富集的，而更高层级的brite又太宽泛了，不适合于直接富集。这是我个人的一个理解，可以供您参考。
非模式生物KEGG富集分析
写在前面 因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。所以自己尝试使用KAAS造一个...
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基因组组装----SPAdes(一)
关于基因组组装的流程可以参考我的简书:https://www.jianshu.com/p/e02ecd537c83 前面介绍了SOAPdenovo2的使用，但是由于结果整体不...
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生物类论文查重那些事1欢迎大家关注 生信菌 公众号，后续内容会同步发布到微信公众号。 前言 又到了一年一度的毕业季，今年学术圈学术不端的大瓜不少，明星翟博士事件也是煽风点火，疫情使得本来就“不...
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WGCNA构建共表达网络一这次用的数据是几百个小鼠性状的数据。 一：安装 打开Rstudio 二：运行 1.构建共表达网络 2.寻找最佳 β 首先确定sftpowerEstimate = 6。还有ne...
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目前做结构变异，欢迎交流
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第一步相当于得到背景基因，后续做富基分析时再用差异基因做。
非模式生物KEGG富集分析
写在前面 因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。所以自己尝试使用KAAS造一个...
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@老杨_5843 是的，这一步是先把你自己的物种的基因或蛋白和KEGG数据库中的做比对
非模式生物KEGG富集分析
写在前面 因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。所以自己尝试使用KAAS造一个...
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fastQC对RNA-seq质控
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FastQC处理二代测序原始数据的质量结果解读当二代测序的原始数据拿到手之后，第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc (http://www.bioinformatics.babraham...
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linux 小技巧（随时更新）linux tips最近更新2020.12.29 使用linux 时一些常用的小命令，每次都要去查太费劲，所以把自己常用的命令总结出来 1. 查看cpu核心、内存大小、硬盘使用情况 cpu 核心...
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自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler进行富集分析时，发现网上没有物种包OrgDb，利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书，特别感谢一下！！！ emapper首先得到注释...
