CARD.visualize.pie函数画出来后可以使用ggsave函数保存出来
空间转录组去卷积分析工具介绍——CARD简介 目前，单细胞技术发展迅速，单细胞转录组测序可以帮助我们获得组织中每个细胞的基因表达水平，但却无法获得对应空间位置上的信息。空间转录组技术（spatial trans...
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空间转录组去卷积分析工具介绍——CARD简介 目前，单细胞技术发展迅速，单细胞转录组测序可以帮助我们获得组织中每个细胞的基因表达水平，但却无法获得对应空间位置上的信息。空间转录组技术（spatial trans...
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@asdzxc123 哈哈，争取以后多更新
Seurat学习与使用（一）
简介 Seurat是一个r包，被设计用于单细胞rna-seq数据的细胞质控和分析。Seurat旨在使用户能够识别和解释单细胞转录组数据中的异质性来源，同时提供整合不同类型...
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Seurat学习与使用（二）前言 好久没写简书了，这两年多一直在做着单细胞的数据分析，有单细胞数据分析需求的朋友可以私信我。 目前单细胞转录组单个样本的成本不断降低，发表一篇高分文章的样本要求也越...
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你好，请问下这种报错是啥原因，可以解决吗
```
celfiles.gcrma <- gcrma(celfiles)
Adjusting for optical effect......Done.
Computing affinities.Error in matrix(NA, nrow = max(cbind(pmIndex, mmIndex)), ncol = 1) :
invalid 'nrow' value (too large or NA)
```使用Bioconductor 分析芯片数据（一）
1、下载安装R相关包 GEOquery 是 NCBI 存储标准化的转录组数据的基因表达综合数据库 GEO 的接口程序。 2、下载芯片数据 教程中我们使用 Dr Andrew ...
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你好，请问这个问题你解决了吗，我也遇到了
Bioconductor 分析芯片数据教程
这是我在 The Bioinformatics Knowledgeblog 上看到的一篇教程，原文在这里，教程条理清晰，对我理解芯片数据分析流程帮助很大，就把它翻译了过来。 ...
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博主你好，想问下第二种方法下载的Series Matrix Files文件表达矩阵都是小数是代表数据已经经过Normalize的标准化处理了吗
GEO数据库视频学习笔记（芯片数据下载和数据读取）
之前写的的CHIP-seq和RNA-seq很多练习的数据都是从GEO数据库下载的。但是从来没有细致的了解过GEO这个数据库。趁着还没复工，再多学一点新知识~这次的笔记是生信技...
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GEO数据库视频学习笔记（芯片数据下载和数据读取）之前写的的CHIP-seq和RNA-seq很多练习的数据都是从GEO数据库下载的。但是从来没有细致的了解过GEO这个数据库。趁着还没复工，再多学一点新知识~这次的笔记是生信技...
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你好，想请问下plot_genes_branched_pseudotime函数画出来的图中那个Branch（图中Y_15和Y_39）是怎么判定哪个对应热图Cellfate1和Cellfate2的？
单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操
轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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你好，有个疑问想请教下，如果我只是想对你这图中的分支点2进行分析，cell fate2的细胞我知道是State4的细胞，那怎么确定cell fate1是哪些细胞，是只是State3的细胞还是后续State3 2 1主干上的细胞，或者是State3 2 1 6 7所有细胞
monocle2 拟时间分支点分析结果解读
How to map cell fate to branches? 拟时间分析结果有很多重要的结果，但是这些结果如何解读？比如下图的分支点分析结果： 从图中可以看到，行代表基...
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你这个热图上说的Pre-branch细胞是State1 2 3有问题，按照github作者的回复应该只是包括State1 3
scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程
拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...
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你好，想请问下跑这步时报错是什么原因
···
sim <- fitGAM(sim)
Error in .local(counts, ...) :
For now tradeSeq only works downstream of slingshotin this format.
Consider using the method with a matrix as input instead.
···NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（八）：拟时序细胞轨迹推断
第八节：拟时序细胞轨迹推断 在本节教程中，我们将学习如何通过拟时序分析推断细胞分化轨迹。slingshot包可以对单细胞RNA-seq数据进行细胞分化谱系构建和伪时间推断，它...
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可以用这个命令先进行分组，然后再使用FindMarkers函数求组间差异
```
integrated$group<-ifelse(integrated@assays$RNA@counts['gene',]>0,'group1','group2')
```Seurat学习与使用（一）
简介 Seurat是一个r包，被设计用于单细胞rna-seq数据的细胞质控和分析。Seurat旨在使用户能够识别和解释单细胞转录组数据中的异质性来源，同时提供整合不同类型...
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@Wind_2a35 需要准备下配置文件 perl ./homer/configureHomer.pl -install mm10
利用HOMER预测目标序列的motif（从运行程序到结果解读，以及注意事项）
关于查找motif，目前有很多种软件可以进行预测。我所在的实验室通常使用FIMO（MEME套件里的一个），但是有很多文献里也提到了HOMER这个软件，并且不乏一些影响因子很高...
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@那片天很蓝 Merge_data这个seurat对象里面就有的，代表样本信息，在meta.data槽下
Seurat学习与使用（一）
简介 Seurat是一个r包，被设计用于单细胞rna-seq数据的细胞质控和分析。Seurat旨在使用户能够识别和解释单细胞转录组数据中的异质性来源，同时提供整合不同类型...
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您好，我使用diffbind运行这句命令出现以下错误，由于软件封装的deseq2，想问下有没有快速的解决的方法
Error in estimateSizeFactorsForMatrix(counts(object), locfunc = locfunc, : every gene contains at least one zero, cannot compute log geometric means
```
tmp<-dba.contrast(tmp,categories=DBA_TREATMENT,minMembers=2)
```ChIP 差异peak 脚本（DESeq2&DiffBind）
ChIP-seq-analysisIn-depth-NGS-Data-Analysis-Course 以下使用DESeq2 & DiffBind R 包，来分析差异的peak...
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你看下你的seurat对象的Idents是不是分群的，如果不是需要换过来
Seurat学习与使用（一）
简介 Seurat是一个r包，被设计用于单细胞rna-seq数据的细胞质控和分析。Seurat旨在使用户能够识别和解释单细胞转录组数据中的异质性来源，同时提供整合不同类型...
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单细胞转录组测序解析流感病毒体内感染2018年Cell Systems文章：Dissection of Influenza InfectionInVivoby Single-Cell RNA Sequencin...
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cellranger实战2：非正常数据之仅有bam文件我所理解的cellranger软件理想原始输入数据就是SRA格式，然后利用sra-tools分为read、barcode+UMI、index三个fastq.gz文件。最后直接...
