发简信
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相关性分析 Pearson 相关系数 和 Spearman 秩相关系数
分析连续变量之间线性相关程度的强弱，并用适当的统计指标表示出来的过程称为相关分析。本文主要介绍比较常用的 Pearson相关系数、Spearman秩相关系数。这两个相关性系数...
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测序数据的深度、覆盖度等计算Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段（短读 short reads）“覆盖”的强度有多大？ 每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序...
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ctDNA、cfDNA和CTCs的区别(1)CTCs 就是循环肿瘤细胞(circulating tumor cells)的简称，这玩意就是从原发肿瘤甚至是转移形成的新肿瘤上掉落下来，并且进入到患者的外周血循环系统...
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保持好奇，持续学习
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最全Bedtools使用说明--只看本文就够了1 Bedtools:一个强大的基因组算法工具集 Bedtools是由犹他大学昆兰实验室开发的基因组算法工具集，它堪称是基因组分析工具中的瑞士军刀。Bedtools可以对基因...
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ATAC-seq分析实操生信技能树健明教程放在最前面的参考链接：给学徒的ATAC-seq数据实战（附上收费视频) 数据来源的文章： The landscape of accessible chromatin in m...
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我只是知识的搬运工~
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@xiaoguolaile 谢谢博主不吝赐教😘
2020-04-13 WGBS测序质控及分析记录
测序数据质控fastp genome preparation alignment bismark_deduplication picard_deduplication ext...
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2020-04-13 WGBS测序质控及分析记录
测序数据质控fastp genome preparation alignment bismark_deduplication picard_deduplication ext...
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@xiaoguolaile 好的感谢博主解答，请问博主merge正负链位点信息的时候是如何一个策略的，下面是五个示例CG位点：
chr1 942604 + 0 4 CG CGC
chr1 942605 - 0 11 CG CGC
chr1 942606 + 0 4 CG CGC
chr1 942607 - 0 8 CG CGC
chr1 942608 + 0 4 CG CGC
如果合并的话，其输出是否是？
chr1 942604 + 0 15 CG CGC
chr1 942606 + 0 12 CG CGC
chr1 942608 + 0 4 CG CGC2020-04-13 WGBS测序质控及分析记录
测序数据质控fastp genome preparation alignment bismark_deduplication picard_deduplication ext...
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博主您好，如果我没理解错的话，我想请问bismark_methylation_extractor里面用了参数--no_overlap了，为何下面还需要使用Perl脚本进行merged CG postition？这个是否冲突了？
2020-04-13 WGBS测序质控及分析记录
测序数据质控fastp genome preparation alignment bismark_deduplication picard_deduplication ext...
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专注WGBS Chipseq等数据分析<br>perl python R脚本编辑处理数据
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@生信start_site 好的非常感谢
ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和enhancer相关基因的GO分析)
在实践之前，我先查找了一下有关组蛋白修饰的知识点：（参考文章：https://www.jianshu.com/p/8aca72809c5c） 组蛋白修饰能预测染色质的类型（异...
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楼主您好，请问您是否知道如何获取组蛋白修饰区域的BED格式文件，我想知道H3K27me3等类型的在基因组上的坐标，找了全网好像也没有找到😂
ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和enhancer相关基因的GO分析)
在实践之前，我先查找了一下有关组蛋白修饰的知识点：（参考文章：https://www.jianshu.com/p/8aca72809c5c） 组蛋白修饰能预测染色质的类型（异...
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个人wx公众号：木舟笔记。
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生信分析学习笔记 - RNAseq （六）FeatureCounts声明：本文部分内容和部分图片来源于网络。本文为生信小白学习笔记，不能保证专业名词和内容全部正确或权威。 下图为某一条RNAseq从数据预处理，序列回帖到数据可视化...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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非常感谢博主的提醒，是的，我当时没发现sc.tl.diffmap函数没运行成功，当时想回复您来着，然后遇到一个报错，最后解决了报错但忘记回复您了，感谢
seurat结果转为scanpy可处理对象
作者：ahworld链接：seurat结果转为scanpy可处理对象来源：微信公众号seqyuan著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 怎样把seurat的对象转换...
