使用二代数据或三代数据得到contig后，下一步就是将contig提升到染色体水平。对于二倍体物种而言，目前3D-DNA应该是组装效果最好的一个软件。 一：工作流程 使用3D...
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利用3D-DNA挂载基因组 -
D 统计量检测遗传渗入ABBA-BABA test ABBA-BABA 统计（也称为 D 统计）为严格二叉进化历史的偏差提供了一种简单而强大的测试。 因此，它们经常用于使用基因组规模的 SNP 数...
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学会正确选择多序列比对（coding-sequences）软件前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析，没想到却在多序列比对这一环节出现了棘手的问题。...
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如何利用NR库快速进行物种鉴定
作者：charon审稿：童蒙编辑：angelica 引言 在做基因或者蛋白质功能注释的时候，NR数据库包含非常重要的信息。但是有没有人跟我一样遇到相同的苦恼，就是在运行的时候...
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每周文献 2021-10-25大家好，本周给大家分享的是一篇2021年10月20日发表在Nature上关于家马起源和扩张史的一篇文章。 文章题目：The origins and spread of dom...
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mcmctree估算物种分歧时间推断物种系统发育关系以及分歧时间对探讨物种起源与演化具有重要意义。通过最大似然法（ML）构建物种进化树以及估算物种分化时间在比较基因组学的研究进展中已经成为了必不可少的“套路...
