文章来源：生信技能树原文：GEO数据挖掘-第一期-胶质母细胞瘤（GBM）文章标题 lncRNAs PVT1 and HAR1A are prognosis biomarker...
发简信
IP属地：湖南
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GEO数据挖掘-第一期-胶质母细胞瘤（GBM）
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学习方案：如何才能入门生信？按我前面文章继续反思：如何才能入门生信？中提到的学习方案执行。 总的方案： 孟老师推荐关于最后一部分的四大切入点，最后是把几个不同的Seq的过程细节都了解一下。 第一部分：l...
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整合转录组学、蛋白质组学、糖组学和糖蛋白质组学来表征乳腺癌细胞对紫杉醇的耐药性PMID: 34000456DOI: 10.1016/j.jprot.2021.104266 摘要 化疗耐药是导致乳腺癌（BC）复发和癌症相关死亡率高的主要因素。聚糖的异常水...
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01.单细胞入门-Seurat对象创建单细胞测序下游原始文件主要以三种形式在GEO存储 针对三种不同的存储形式分别对应不同的seurat对象创建方式 1.以标准的barcodes.tsv、genes.tsv、ma...
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单细胞108篇文献解读之11---SCENIC: 单细胞RNA-seq数据推断基因调控网络和细胞功能聚类目前单细胞转录组领域用的比较多的细胞聚类方法大多是直接从基因表达矩阵推断，但是对于多样本合并分析，很多情况下会出现难以解决的批次效应，例如：有些癌症多样本的聚类结果大多每个样...
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TCGA临床数据的提取TCGA临床数据的下载这里不做介绍。下载后解压数据会得到包含多个子文件夹的的文件，如下所示： 每个子文件夹下通常包含XML文件，有的也会包含多个文件。但我们需要用到的就是XM...
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GEO数据挖掘用dat[ids$probe_id,] 取子集都是NA，该咋办
GSE44077 数据集是GSE44077，pd信息经过取冗余处理后得到了226行，11列的数据。 第一个疑问，如何从pd$characteristics_ch1这一列中提取...
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缺失值NA并不可怕,只要了解它缺失值可视化 1.在GEO数据挖掘过程中，有时取子集会导致生成的子集都是NA。那么是因为代码写错了，或者数据类型没搞清，还有一种情况就是，数据集明明只有5行，可是你却要取出第...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
